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En règle général, les sous-menus sont désignés en majuscule, la documentation des programmes en minuscule.

bash-2.05$menu<return>
|>Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		Banques
: Interrogation de banques diverses
|  2) 		Sequence
: Analyse de sequences
|  3) 		Genetique
: Analyse de liaison
|  4) 		Email
: Courrier electronique, Internet
|  5) 		Infoservices
: Autres Infoservices sur l'Internet(WWW,Gopher,Wais)
|  6) 		Utilitaires
: Diverses commandes UNIX et manipulation de fichiers
|  7) INFO: Toutes les annonces parues dans infobiogen.annonces
|  8) AIDE: Envoi un message au groupe Assistance bioinfo
|  9) DOC: Acces a La documentation (format WEB/texte)
|  10) BISANCE: Acces au menu Bisance
|>babbage_enter$

|>mdb<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		ACNUC
: Interrogation EMBL GENBANK PIR SWISSPROT/TREMBL 
                           HOVERGEN HOBACGEN/PRO EMGLIB
|  2) 		Nentrez
: Interrogation au NCBI Genbank/Proteine/Medline (X window)
|  3) 		HOVERGEN
: Genes homologues de vertebres (X window)
|  4) OMIM: Interrogation OMIM
|  5) 		SRS
: Interrogation multibases SRS sur le serveur WWW d'INFOBIOGEN
|  6) 		PHARMACIA
: Sequences de vecteurs Pharmacia
|  7) 		INVITROGEN
: Sequences de vecteurs Invitrogen
|  8) 		P53
: Base des mutations de la p53
|>babbage_enter$

|>macnuc<mdb<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		ACNUC
_GB: Interrogation GenBank
|  2) ACNUC_EMBL: Interrogation EMBL
|  3) ACNUC_NBRF: Interrogation PIR/NBRF
|  4) ACNUC_SWISS: Interrogation Swissprot + SPTrembl
|  5) ACNUC_EMGLIB: Enhanced Microbial Genomes - EMGLIB
|  6) ACNUC_HOV: Banque GenBank de vertebres - HOVERGEN
|  7) ACNUC_HGE: Banque EMBL des genomes - HOBACGEN
|  8) ACNUC_HPR: Banque de proteines des genomes - HOBACPRO
|  9) XACNUC_GB: Banque GenBank (X window)
|  10) XACNUC_EMBL: Banque EMBL (X window)
|  11) XACNUC_NBRF: Banque NBRF (X window)
|  12) XACNUC_SWISS: Banque Swissprot + SPTrembl (X window)
|  13) XACNUC_EMGLIB: Enhanced Microbial Genomes - EMGLIB (X window)
|  14) XACNUC_HOV: Banque HOVERGEN (X window)
|  15) XACNUC_HGE: Banque EMBL des genomes - HOBACGEN
|  16) XACNUC_HPR: Banque de proteines des genomes - HOBACPRO
|>babbage_enter$

|>mpharma<mdb<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		LISTE
: Liste des sequences
|  2) AFFICHE: Affichage d'une sequence
|  3) COPIE: Copie dans le repertoire courant au format text
|  4) COPI-GCG: Copie dans le repertoire courant au format GCG
|>babbage_enter$

|>minvitro<mdb<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		LISTE
: Liste des sequences
|  2) AFFICHE: Affichage d'une sequence
|  3) COPIE: Copie dans le repertoire courant au format text
|  4) COPI-GCG: Copie dans le repertoire courant au format GCG
|>babbage_enter$

|>mp53<mdb<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		LISTE
: Liste des informations sur les mutations
|  2) MUTATION: Tableau des mutations
|  3) REFERENCE: Liste des references bibiographiques
|>babbage_enter$

|>mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		GCG
: Environnement GCG
|  2) 		EMBOSS
: Utilisation EMBOSS en mode commande ou menu
|  3) 		SQX
: Analyse de sequences au format Staden
|  4) 		staden
: Environnement STADEN
|  5) 		FASTA
: Recherches rapides en Banques
|  6) 		BLAST
: Recherches rapides et sensibles en Banques
|  7) 		ALIGNEMENT
: Alignement multiple
|  8) 		MOTIFS
: Motifs et signaux
|  9) 		PCR
: Optimisation d'oligonucleotides
|  10) 		PHYLOGENIE
: Trace d'Arbre et phylogenie
|  11) 		SEQUENCAGE
: Programmes de sequencage
|  12) 		readseq
: Reformatage de sequences
|  13) 		AUTRES
: Autres programmes d'analyse
|>babbage_enter$

|>mgcg<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		SEQLAB
: Utilisation GCG en mode Xwindow
|  2) 		GCG
: Utilisation GCG en mode commande ou menu
|>babbage_enter$

|>mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		ACNUC
: Interrogation EMBL GenBank PIR SWISSPROT/TREMBL HOVERGEN
|  2) 		EDITION
: Editeur de sequences
|  3) 		REFORMATAGE
: Reformattage de sequences
|  4) 		CONCATENATION
: Concatenation de sequences
|  5) 		ECLATEMENT
: Eclatement, decoupage de sequences
|  6) 		ALIGNEMENT
: Alignement de sequences-motifs-tests
|  7) 		RECHERCHE
: Recherche de motifs
|  8) 		RESTRICTION
: Cartes de restriction
|  9) 		TRADUCTION
: Traduction-Recherches-Generation de peptides-Analyse
|  10) 		STRUCTURE_RNA
: Prediction de structures secondaires RNA
|  11) 		STRUCTURE_PROT
: Prediction de structures secondaires Proteines
|  12) 		STAT
: Analyse statistique de sequences
|  13) 		CONSULTATION
: Consultation de bases documentaires
|>babbage_enter$

|>medition<mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		editsq
: Editeur de sequence individuelle
|  2) 		list
: Liste de sequences
|  3) 		conbrf
: Liste de sequence proteique, composition, masse
|  4) 		edtsqn
: Editeur de sequences multiple
|>babbage_enter$

|>mformat<mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		creer
: Extraction et concatenation de sous-sequences
|  2) 		trsfer
: Creation d'un fichier sequentiel au format FASTA
|  3) 		transat
: Creation d'un fichier sequentiel FASTA-fichier catalogue
|  4) 		tracn
: Eclatement-Reformattage ACNUC --> format FASTA Readseq
|  5) 		eclats
: Eclatement de sequences
|  6) 		getsq
: Transfert de sequence de banque avec reformattage
|  7) 		trtxt
: Suppression des lignes ';' dans les sequences
|  8) 		trgcg
: Suppression des lignes ';' et transformation en format GCG
|>babbage_enter$

|>mconcat<mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		trsfer
: Creation d'un fichier sequentiel au format FASTA
|  2) 		transat
: Creation d'un fichier sequentiel FASTA-fichier catalogue
|  3) 		transeq
: Fusion de N sequences

|>meclat<mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		eclats
: Eclatement de sequences
|  2) 		slice
: Utilitaire de decoupage de longue sequence et traduction
|  3) 		catseq
: Extraction de sequences individuelles sur un catalogue
|  4) 		modfasta
: Extraction ou suppression de seq. dans un fichier FASTA

|>maligne<mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		align
: Alignement de 2 sequences - Package FASTA
|  2) 		lalign
: Alignement local de 2 sequences - Package FASTA
|  3) 		seqf
: Alignement rapide de 2 sequences nucleiques-Kanehisa
|  4) 		clustal
: Alignement multiple 2 a 100 sequences-Version Fortran
|  5) 		motali
: Alignement d un motif et d'une sequence nucleique
|  6) 		proali
: Alignement d un motif et d'une sequence proteique
|>babbage_enter$

|>mrecherche<mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		chaine
: Recherche de chaines, repetitions directes, reverse
|  2) 		chainx
: Recherche de chaines de caracteres sur un ensemble de seq.
|  3) 		histup
: Calculs d uplets et histogrammes di.tri.nucleotides-pept.
|  4) 		signpt
: Recherche de motifs dans une sequence proteique PROSITE
|  5) 		signpx
: Recherche de motifs dans un ensemble de sequences prot.
|  6) 		signuc
: Recherche de signaux nucleiques - signatures
|  7) 		signal
: Recherche de signaux promoteur, initiation.. matrices
|  8) 		signalx
: Recherche de signaux dans un ensemble de sequences nuc.
|  9) 		adnz
: Recherche de repetitions dans une sequence nucleique
|  10) 		random
: Randomisation d'une sequence - proteique ou nucleique
|  11) 		simplify
: Reduction de l alphabet d une sequence
|  12) 		motali
: Recherche de motifs nucleiques par alignements
|  13) 		proali
: Recherche de motifs proteiques par alignements
|  14) 		freqces
: Frequence en nucleotides et en ac.amines dans une seq.
|  15) 		profcom
: Profil de frequences de motifs nucleiques ou proteiques
|  16) 		profcomx
: Profil de frequences de motifs dans un ensemble de seq.
|  17) 		profcg
: Profil des G+C et CG sur une sequence nucleique
|>babbage_enter$

|>mrestriction<mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		enzind
: Recherches de sites de restrictions
|  2) 		enzdig
: Fragments de restriction - total ou partiel
|  3) 		sizekf
: Calcul taille de fragments de restriction, mobilite
|  4) 		mapphys
: Recherche dans la carte physique de E. coli
|>babbage_enter$

|>mtraduction<mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		traduc
: Traduction d une sequence nucleique avec sauvegarde
|  2) 		trana6
: Traduction d une sequence nucleique 3 sur 6 phases
|  3) 		forpub
: Impression de sequences ac. nucleiques avec traduction
|  4) 		mwcalc
: Masse moleculaire de proteine
|  5) 		massprot
: Recherche de peptides de masse donnee
|  6) 		seqcomp
: Recherche en composition d'une proteine
|  7) 		pepsor
: Generation de peptides par coupure proteolytique
|  8) 		sdes
: Optimisation de sondes nucleiques
|  9) 		recsta
: Analyse statistique de fragments genomiques
|  10) 		uscode
: Analyse de l'usage du code
|>babbage_enter$

|>mstructP<mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		gor87:
 Methode GOR87 Prediction de structures II proteines
|  2) 		predigr
: Methode GOR78 Prediction de structures II proteines
|  3) 		prstrc
: Prediction Chou-Fasman de structures II proteines
|  4) 		hydraa
: Hydrophobicite et moment sur proteines
|  5) 		antign:
 Prediction antigenicite et profils varies
|  6) 		class
: Double prediction de la classe en association Chou-Fasman
|>babbage_enter$

|>manalseq<mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		analseq
: Analyse statistique de sequences
|>babbage_enter$

|>mrechbase<mainsqx<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		rechbase
: Analyse statistique de sequences
|>babbage_enter$

|>mfasta<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		FASTAMENU
: Utilisation guidee dans 
|            (t)fasta-(t)fastx-(t)fasty-(t)fastf
|  2) FASTA: Comparaison sequence proteique nucleique-banque meme nature
|  3) TFASTA: Comparaison sequence proteique-banque nucleique 6 phases
|  4) FASTX: Comparaison seq. DNA 6 phases/Prot. frameshift entre codons
|  5) FASTY: Comparaison seq. DNA 6 phases/Prot. frameshift dans codons
|  6) TFASTX: Comparaison seq. Prot/DNA 6 phases frameshift entre codons
|  7) TFASTY: Comparaison seq. Prot/DNA 6 phases frameshift dans codons
|  8) FASTF: Comparaison melange de peptides - banque proteique
|  9) TFASTF: Comparaison melange de peptides - banque nuc. 6 phases
|>babbage_enter$

|>msblast<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		BLAST
: Blast + Psi-Blast (profile) + Phi-Blast (motif) + RPS
|  2) MULBLAST: Alignement multiple de seq. d'apres une sortie BLAST
|  3) XBLAST: filtrer une sequence par comparaison avec une sortie BLAST
|  4) XNU: modification seq. proteique selon des criteres de repetitions
|  5) SEG: filtrage des zones de faible complexite
|  6) RepeatMasker: Masquage de sequences repetees
|  7) b2fx: Analyse des sorties BLAST - format FASTA, MSF, Catalogue GCG
|  8) INDBLAST: Construction des indexes blast d'une banque personnelle

|>malign<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		clustalv
: Alignement multiple de sequences
|  2) 		clustalw
: Alignement multiple de sequences (Menu ou Batch)
|  3) 		treealign
: Alignement multiple et phylogenie
|  4) 		pima
: Alignement multiple sur similarite de motifs
|  5) 		multalin
: Alignement multiple de sequences
|  6) 		mrtrans
: Alignement de seq. cDNA/sequences proteiques alignees
|>babbage_enter$

|>mmotif<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		plsearch
: Recherche similitude proteine - Banque de Motifs
|  2) 		blocksearch
: Recherche similitude proteine - Banque de Motifs
|  3) 		blockshow
: Extraction dans la banque BLOCKS
|  4) 		explora
: Recherche ORF avec/sans introns(S.cerevisiae,nucleaire)
|  5) 		sigscan
: Motifs nucleiques - facteurs de transcription
|  6) 		gibbs_purge
: Retrait de redondance
|  7) 		gibbs
: Echantillonnage de motifs
|  8) 		gibbs_scan
: Recherche des motifs resultant de gibbs
|  9) 		coils
: Prediction d'une structure coiled-coil sur une proteine
|  10) 		meme
: Recherche de motifs (nucleiques ou proteiques)
|  11) 		pratt
:Recherche de motifs proteiques
|  12) 		trnascan
: Recherche tRNA dans une sequence
|  13) 		proscan
: Prediction des sites promoteur Pol II eucaryotes
|  14) 		predator
: Prediction de structure secondaire de proteines
|  15) 		genemark
: Detection des zones codantes dans les sequences nuc.
|  16) 		xgrail
: Analyse de sequences eucaryotes (X window)
|  17) 		fakii
: Filtres/Assemblage de fragment
|>babbage_enter$

|>mpcr<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		primer
: Optimisation d'oligonucleotide pour la PCR
|  2) 		osp
: Optimisation d'oligonucleotide pour la PCR
|  3) 		multipcr
: Multiplexing PCR
|>babbage_enter$

|>mphylo<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		treetool
: Trace d'arbre (X window)
|  2) 		njplot
: Trace d'arbre (X window)
|  3) 		phylo_win
: phylogenie moleculaire (X window)
|  4) 		PHYLIP
: Package de phylogenie Phylip
|>babbage_enter$

|>mphylip<mphylo<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		phylip1
: Programs for molecular sequence data
|  2) 		phylip2
: Programs for distance matrix data
|  3) 		phylip3
: Programs for gene frequencies and continuous characters
|  4) 		phylip4
: Programs for 0-1 discrete state data
|  5) 		phylip5
: Programs for plotting trees and consensus trees
|>babbage_enter$

|>mphylip1<mphylip<mphylo<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		protpars
: Protein parsimony
|  2) 		dnamove
: Interactive DNA parsimony
|  3) 		dnacomp
: Compatibility for DNA
|  4) 		dnaml
: Maximum likelihood method
|  5) 		dnadist
: Distances from sequences
|  6) 		restml
: ML for restriction sites
|  7) 		coallike
: Coalescent likelihoods from sampled phylogeny estimates
|  8) 		dnapars
: Parsimony method for DNA
|  9) 		dnapenny
: Branch and bound for DNA
|  10) 		dnainvar
: Phylogenetic invariants
|  11) 		dnamlk
: DNA ML with molecular clock
|  12) 		protdist
: Distances from proteins
|  13) 		seqboot
: Bootstraps sequence data sets
|  14) 		makeinf
: Tools for selecting sites
|>babbage_enter$

|>mphylip2<mphylip<mphylo<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		fitch
: Fitch-Margoliash,least-squares methods
|  2) 		kitsch
: Fitch-Margoliash,least-squares methods with evolutionary
              clock
|  3) 		neighbor
: Neighbor-joining and UPGMA methods
|>babbage_enter$

|>mphylip3<mphylip<mphylo<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		contml
: Maximum likelihood method GENDIST Computes genetic
              distances
|  2) 		contrast
: Computes contrasts,correlations for comparative 
                method studies
|>babbage_enter$

|>mphylip4<mphylip<mphylo<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		mix
: Wagner, Camin-Sokal, and mixed parsimony criteria
|  2) 		move
: Interactive Wagner, C-S, mixed parsimony program
|  3) 		penny
: Finds all most parsimonious trees by branch-and-bound
|  4) 		dollop
: Dollo and polymorphism parsimony criteria
|  5) 		dolmove
: Dollo and polymorphism parsimony criteria
|  6) 		dolpenny
: Dollo and polymorphism parsimony criteria
|  7) 		clique
: Compatibility method
|  8) 		factor
: recode multistate characters
|>babbage_enter$

|>mphylip5<mphylip<mphylo<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		drawgram
: Draws cladograms phenograms on screens, plotters and 
                printers
|  2) 		drawtree
: Draws unrooted phylogenies on screens, plotters and 
                printers
|  3) 		consense
: Majority-rule and strict consensus trees
|  4) 		retree
: Reroots, changes names and branch lengths, and flips trees
|>babbage_enter$

|>msequencage?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) acembly: Assemblage de fragments (ACEDB)
|  2) cap3: Assemblage de fragments (package HUANG)
|  3) 		phred
: Transformation des traces en fich. de sequences et qualite
|  4) phrap: Assemblage des sequences de PHRED/PHRAP
|  5) phredPhrap: Enchainement de PHRED cross_match PHRAP
|  6) 		consed
: Edition de l'assemblage issue de PHRAP (X window)
|  7) 		phd2seqfasta
: Extraction en fichier fasta des sequences de phred
|  8) 		phd2qualfasta
: Extraction en fichier fasta des qualites de phred
|  9) cross_match: Comparaison entre deux listes fasta de seq. DNA 
		   + filtrage
|  10) swat: Alignement de sequences
|  11) 		fakii
: Assemblage de fragments
|>babbage_enter$ 

|>mautres<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) cap3: Package de Huang
|  2) 		DIVERS
: Autres programmes du package fasta-tfasta
|  3) 		saps
: Analyse statistique de proteines
|  4) 		HMMER
: Analyse statistique - Model de Markov (HMM)
|  5) dotter: Comparaison de deux sequences (X window)
|>babbage_enter$

|>mdivers<mautres<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		align
: Alignement optimal de 2 sequences
|  2) 		lalign
: Alignement local de 2 sequences
|  3) 		plalign
: Alignement local graphique
|  4) 		prdf
: Estimation statistique de l'alignement
|  5) 		prss
: Estimation statistique (optimal)
|  6) 		bestscor
: Meilleur score par autocomparaison
|  7) 		ssearch
: Recherche en Banque avec programme optimal
|  8) 		relate
: Comparaison par fenetres
|  9) 		aacomp
: Composition en acides amines
|  10) 		garnier
: Prediction de structure secondaire
|  11) 		grease
: Profil d'hydrophilicite
|  12) 		tgrease
: Trace du profil d'hydrophilicite
|>babbage_enter$

|>mhmmer<mautres<mseq<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		hmmbuild
: Creation HMM a partir de sequences alignees
|  2) 		hmmcalibrate
: Calibre un profil HMM
|  3) 		hmmconvert
: Convertit le format d'un profil HMM ou concatène 
                  2 profils
|  4) 		hmmsearch
: Recherches de sequences a partir d'un profile
|  5) 		hmmindex
: Indexe une base HMM telle que PFAM
|  6) 		hmmpfam
: Recherche de séquences contre des profils HMM de Pfam
|  7) 		hmmfetch
: Extrait un profil HMM à partir d'une base HMM telle 
                que PFAM
|  8) 		hmmemit
: Extrait les séquences ou le consensus d'un profil HMM
|  9) 		hmmalign
: Aligne un ensemble de séquences sur un profil HMM
|>babbage_enter$

|>mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		LINKAGE
: Environnement pour l'analyse de liaisons
|  2) 		SIMULATION
: Programmmes de simulation
|  3) 		HAPLOTYPES
: Programmes d'haplotypage
|  4) 		TLINKAGE
: Linkage avec 2 locus maladies
|  5) 		VITESSE
: Linkage a grande vitesse
|  6) 		ANALYZE
: Programme d'analyses
|  7) 		DISEQ
: Analyse des desequilibres de liaisons
|  8) 		GENOCHECK
: Detection des erreurs de genotypage
|  9) 		UTILITAIRES
: Utilitaires J. OTT
|  10) 		MAPMAKER
: Programme MapMaker
|  11) 		homoz
: MAPMAKER/HOMOZ
|  12) 		sibs
: MAPMAKER/SIBS
|  13) 		FASTMAP
: Programme FastMap
|  14) 		HOMOGENEITE
: Analyse d'homogeneite genetique
|  15) 		gas
: Genetic Analysis System 2.0
|  16) 		CRI-MAP
: Programmes crimap, bpt et lnktocri
|  17) 		GENEHUNTER
: GENEHUNTER
|  18) 		APM
: Affected Pedigree Member
|  19) 		WPC
: Genetic linkage test by WPC method
|  20) 		MFLINK
: Model-Free Linkage Analysis
|  21) 		BLOCK
: Linkage analysis in large complex pedigrees
|  22) 		RH_MAPPING
: Cartographie d'hybrides d'irradiation
|>babbage_enter$

|>mlink<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		lcp
: lcp
|  2) 		lrp
: lrp
|  3) 		lsp
: lsp
|  4) 		makeped
: makeped
|  5) 		map
: map
|  6) 		preplink
: preplink
|  7) 		unknown
: unknown
|>babbage_enter$

|>msimul<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		isim
: Analyse de simulation isim
|  2) 		lsim
: Analyse de simulation lsim
|  3) 		msim
: Analyse de simulation msim
|  4) 		slink
: Programmme de simulation slink
|  5) 		fastslink
: Programmme de simulation fastslink
|  6) 		sloslink
: Programmme de simulation fastslink (memoire optimisee)
|  7) 		unknown
: unknown
|  8) 		simlink
: Programmme de simulation simlink
|>babbage_enter$

|>mhaplo<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		simcross
: Programmme d'haplotypage simcros
|  2) 		simwalk
: Programmme d'haplotypage simwalk
|  3) 		haplo
: Programmme de simulation haplo
|  4) link2ped: Utilitaire link2ped
|  5) 		linkmend
: Utilitaire linkmend
|  6) visual: Utilitaire visual
|>babbage_enter$

|>mtlink<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		tilink
: tilink
|  2) 		tlinkm
: tlinkm
|  3) 		tmlink
: tmlink
|  4) 		tunk
: tunk
|>babbage_enter$

|>mlgv<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		link2vit
: link2vit
|  2) 		pedcheck
: pedcheck
|  3) 		pedshell
: pedshell
|  4) 		vitesse
: vitesse
|>babbage_enter$

|>manalysis<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		analysis
: analysis
|  2) 		downfreq
: downfreq
|  3) 		extract
: extract
|  4) 		multi-ilink
: multi-ilink
|  5) 		nonparametric
: nonparametric
|>babbage_enter$

|>mdiseq<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		dislamb
: dislamb
|  2) 		dismult
: dismult
|  3) 		mcnmult
: mcnmult
|  4) 		tdtlike
: tdtlike
|>babbage_enter$

|>mgeno<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		ilinkerr
: ilinkerr
|  2) 		suberr
: suberr
|  3) 		toaff
: toaff
|  4) 		unknown
: unknown
|>babbage_enter$

|>mutils<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		2by2
: 2by2
|  2) 		binom
: binom
|  3) 		chiprob
: chiprob
|  4) 		conting
: conting
|  5) 		crossovr
: crossovr
|  6) 		equiv
: equiv
|  7) 		hist
: hist
|  8) 		mapfun
: mapfun
|  9) 		norinv
: norinv
|  10) 		norprob
: norprob
|  11) 		permute
: permute
|  12) 		pic
: pic
|  13) 		pnorm
: pnorm
|  14) 		reri
: reri
|  15) 		sexdif
: sexdif
|  16) 		varco3
: varco3
|  17) 		varco6
: varco6
|>babbage_enter$

|>mmap<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		mapmaker
: mapmaker/exp
|  2) 		qtl
: mapmaker/qtl
|>babbage_enter$

<|>mfmap<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		fastmap
: fastmap
|  2) 		table
: table
|>babbage_enter$
/PRE>
		

|>mhomog<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		homog
: Analyse homogeneite;
|  2) 		homog1a
: Deux types de famille
|  3) 		homog1b
: Deux types de famille
|  4) 		homog2
: Deux types de famille
|  5) 		homog3
: Trois types de famille
|  6) 		homog3r
: Trois types de famille
|  7) 		homog4
: Quatre types de famille
|  8) 		mtest
: Homogeneite entre deux groupes de famille
|  9) 		point4
: Interactif
|  10) 		subset
: Manipulation des fichiers homog
|>babbage_enter$

|>mcrimap<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		lnktocri
: lnktocri
|  2) 		crimap
: crimap (? crimap for help)
|  3) 		bpt
: bpt (Attwood)
|>babbage_enter$

|>mgh<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		gh
: Genehunter Autosomique
|  2) xgh: Genehunter Chromosome X
|>babbage_enter$

|>mapm<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		apm
: affected pedigree member method
|  2) 		apmmult
: affected pedigree member method
|  3) 		chapm
: conversion de fichiers linkage-apm
|  4) 		hist
: histogrammes
|  5) 		sim
: simulation
|  6) 		simmult
: simulation
|>babbage_enter$

|>mmflink<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		mflink
: Model-Free Linkage Analysis
|  2) noscore: noscore=mlink
|  3) vnoscore: vnoscore=vitesse
|  4) 		unknown
: unknown
|>babbage_enter$

|>mblock<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		block
: linkage analysis in large complex pedigrees
|  2) 		theta
: Estimation de log L
|>babbage_enter$

|>mrhmapping<mgenetic<Main<
|                       ?) h)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		RHMAP
: Programmes RHMAP
|  2) 		RHMAPPER
: Programmes RHMAPPER
|>babbage_enter$

|>mrhmap<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		rh2pt
: Deux points
|  2) 		rhmaxlik
: Multipoints
|  3) 		rhminbrk
: Points de cassure
|>babbage_enter$

|>mrhmapper<mgenetic<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) 		rhmapper
: rhmapper
|>babbage_enter$

|>mmail<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) mutt: Lecteur de courrier electronique, plein-ecran
|  2) pine: Un autre lecteur de courrier, utilisable pour les News
|  3) mailx: Lecteur basique, mode ligne
|>babbage_enter$

|>minet<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) Who: Les collegues...
|  2) WEB: Navigation sur l'Internet (WWW, Gopher)
|  3) Comm: Acces distants sur l'Internet (Telnet, ftp, etc)
|>babbage_enter$

|>munix<Main<
|                       		?
) 		h
)elp m)ain p)revious t)erm/X v)erbose q)uit
|  1) ls: liste des fichiers, <nom-fichier> | <vide>
|  2) rm <arg>: Supprime des fichiers, <nom-fichier>
|  3) cp <arg>: Copie de fichiers, 
         <nom-fichier-source> <nom-fichier-dest>
|  4) more <arg>: Lecteur de fichiers texte, <nom-fichier>
|  5) pico: Editeur de texte simple, <nom-fichier>
|  6) vi: Editeur de texte standard UNIX, <nom-fichier>, voir manuel
|  7) emacs: Un autre editeur de texte, 'plus complexe', voir manuel
|  8) ps: Liste de vos programmes en cours ou en attente
|  9) where is <arg>: Ou sont les choses...
|  10) bash: shell UNIX, voir manuel
|  11) strings script: Copie du script courant dans script.txt (menu -s)
|>babbage_enter$

Ce système de menu est construit "au-dessus" de l'interpréteur de
commandes standard (GNU/bash shell). Vous pouvez l'utiliser en mode
menu ou en mode commande, avec la syntaxe habituelle des commandes UNIX.

Chaque élément d'un menu contient:
- une étiquette chiffre/lettre, un nom d'item, une explication qui
  apparaît en mode long (Verbose).

L'option "set -x<return>" permet de suivre l'évaluation de la commande,
"set +x<return>" annule cet affichage.
La première ligne d'en-tête affiche l'historique de l'empilage des
menus:
|>nom-menu-courant<nom-menu-précédent<...<main<

La deuxième ligne d'en-tête présente les fonctions de manipulation du
menu:

- quitter le mode menu, entrer q<return> ou exit<return>
- demander l'aide en ligne, entrer  h<return>
                                ou
                                    h <étiquette-item><return>
                                ou
                                    ?<return>
                                ou
                                    ? <étiquette-item><return>     
- revenir au menu principal, entrer m<return>
- aller à un menu "bien connu"      m <nom-menu> (voir ligne d'en-tête)
- revenir au menu précédent, entrer p<return>
                                 ou p <nom-menu> (voir ligne d'en-tête)
- basculer menu long/court, entrer  v<return>
- basculer term ASCII/X Window,     t<return>

- sélectionner un item, entrer <chiffre/lettre><return>
- sélectionner un item avec arguments 
  <chiffre/lettre> <arg1> <argn><return>
- abandonner une commande en cours d'éxécution, entrer <ctrl>c 
                                                ou <ctrl>\

En général une petite formation est nécessaire pour utiliser avec
profit toute la puissance du système UNIX.
- lire le manuel de l'interpréteur, entrer
                                    man bash<return>
- lire le manuel associé à chaque commande, entrer
                                    man <nom-commande><return>     
Option
Syntaxe: menu -s <return>
L'option -s de la commande "menu" permet d'enregistrer la session dans
un fichier nommé :
     /tmp/menu-<nom-de-login>-<identificateur-unique>.script
Sauf incident grave, ou manque d'espace disque, ce fichier est conservé
au moins 24 heures dans le répertoire général /tmp.
Ce fichier n'est utilisable qu'après la fin de la session (quit). 
Il peut être édité ou affiché. Il est possible de supprimer les 
caractères de contrôle, avec la commande "strings".
L'item 11 "strings script", du menu 7 "utilitaires", permet de faire une
copie de la partie texte du script courant. Cette copie est stockée dans
votre répertoire principal (le home) sous le nom "script.txt"
Dans un environnement X window, seul le contenu de la fenêtre où est
exécuté le programme menu est enregistré.

Assistance d'urgence:

Si vous ne pouvez pas envoyer de messages (mail bioinfo@infobiogen.fr),
téléphoner au            : 01 60 87 37 15
ou envoyer une télécopie : 01 60 87 37 99

 www@infobiogen.fr