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But:

 Predire la structure secondaire des proteines

        Ce  programme permet  de predire  la structure secondaire
des proteines selon 4  etats conformationnels: Helix, Sheet, Turn
et Coil ainsi que la classe  structurale de la proteine selon les
5 classes   all   alpha,   all   beta,   alpha/beta,  alpha+beta,
Irreguliere de facon independante.


Principe:

        La methode  utilise la prediction prealable  de la classe
structurale de la  proteine a partir de la  composition en acides
amines  selon  l'algorithme  de  Nakashima  et  al.  (1986)  pour
optimiser le jeu de parametres utilises pour predire la structure
secondaire. Les  parametres utilises sont du  type Chou et Fasman
(1978)  et  ont  ete  recalcules  a  partir  de  60  proteines de
structure  tertiaire  connue.  Si  la  prediction  de  la  classe
structurale  est en  accord  avec  la prediction  preliminaire de
structure secondaire (ex: plus d'helice  que de feuillet dans une
proteine predite comme toute  alpha), la structure secondaire est
repredite   en  utilisant   des  parametres   dont  le   taux  de
modification   est  fonction   des  pourcentages   en  structures
secondaires trouves  au tour precedent.  Si il y  a desaccord, la
structure  finale  est  la  meme  que  la  structure preliminaire
puisqu'une   (ou  deux)   des  methodes   (classe  et   structure
secondaire) s'est trompee.

Resultats:

        Le    programme    donne    comme    resultats:    l'etat
conformationnel  predit pour  chaque acide  amine, ainsi  que les
scores correspondants a chaque etat (alpha, beta, turn, coil). La
colonne no5 est  la frequence des turns au sens  de Chou & Fasman
(produit  des frequences  d'observation  en  tenant compte  de la
position dans le "turn" i a i+3).

Qualite de prediction:

             *  72%  des  135  proteines  pour  les  5 classes de
                proteines  (alpha, beta,  alpha/beta, alpha+beta,R)

             *  61,3%  des 10569  aa des  60 proteines  de la  base
                de  donnees de  Kabsch & Sander (1983)

Remarques:

        Plus  la distance  de la  proteine par  rapport au centre
d'une  classe  donnee  est  faible  plus  cette  proteine  " a de
chances" de faire partie de cette classe structurale.
        Plus la proteine est  longue (>100 aa minimum), meilleure
est la qualite de  prediction de la classe structurale.
        Les  etapes intermediaires  de prediction  sont egalement
exploitables (demander alors resultats numeriques).

References : 
"Use of Class prediction to improve protein secondary structure
prediction ", G. Deleage et B. Roux, (1989) in "Prediction of
Protein Structure ans the principles of Protein conformation"
ed. G. Fasman, Plenum, 1989.

"An algorithm for secondary structure prediction based on class
prediction" G. Deleage et B. Roux, (1987) Prot. Eng. 1, 289-294.