TRGCG

Le programme READSEQ ("readseq") qui est une procedure assez
universelle pour transformer les fichiers de sequences en 
differents types , ne marche pas correctement avec les fichiers 
ayant des lignes de commentaire debutant par ";".

La procedure trgcg permet la  suppression des lignes de 
commentaires dans les fichiers de sequences au format "micro" 
du type :

; hssca1
CTACTACAGTGGCGGACGTACAGGACCTGTTTCACTGCAGGGGGATCCAAAACAAGCCCC
GTGGAGCAACAGCCAGAGCAACAGCAGCTGCAAGACATTGTTTCTCTCCCTCTGCCCCCC
CTTCCCCACGCAACCCCAGATCCATTTACACTTTACAGTTTTACCTCACAAAAACTACTA

et la transformation en fichier au format GCG.

genome% more hssca1.seq
tmp.19347  [Unknown form]
    tmp.19347  Length: 10660  (today)  Check: 276  ..
     1  CTACTACAGT GGCGGACGTA CAGGACCTGT TTCACTGCAG GGGGATCCAA
    51  AACAAGCCCC GTGGAGCAAC AGCCAGAGCA ACAGCAGCTG CAAGACATTG
   101  TTTCTCTCCC TCTGCCCCCC CTTCCCCACG CAACCCCAGA TCCATTTACA
   151  CTTTACAGTT TTACCTCACA AAAACTACTA CAAGCACCAA GCTCCCTGAT

Utilisation :
-----------
1) Activer l'environnement SQX (ensemble de programmes)
%  sqx  (Return)

2) executer la procedure   trgcg
%  tr gcg maseq   (Return) 

les lignes debutant par ";" seront supprimees. Cela conduit a un 
fichier au format GCG (par l utilisation automatique de la procedure
READSEQ).

Remarque  :
----------
il est possible d'executer la procedure sur plusieurs fichiers definis
par une troncature 
trgcg  messeq*  

modifiera   messeq1, messeq2 .. en messeq1.seq  messeq2.seq ....