HOVERGEN
		Homologous Vertebrate Genes Data Base


HOVERGEN est une banque de donnees des genes homologues de vertebres. L'objectif
 initial de HOVERGEN est de permettre a l'utilisateur de selectionner des 
ensembles de genes homologues connus dans n especes differentes. HOVERGEN est 
donc particulierement utile pour differents domaines d'etude:
	- analyse comparative de sequences
	- phylogenie
	- evolution moleculaire

D'un point de vue plus general, HOVERGEN permet d'avoir une vision claire de 
l'ensemble des sequences connues dans une famille de genes donnee.

HOVERGEN contient differentes donnees:

	- le sous-ensemble de GenBank correspondant aux sequences nucleaires 
et mitochondriales de vertebres, structure sous ACNUC. Les genes proteiques ont 
ete classes par famille.
	- les alignements multiples des genes proteiques appartenant a une meme 
	  famille.
	- les arbres phylogenetiques de chaque famille de genes.

Le logiciel "query" permet d'interroger la banque de sequences, de selectionner 
les genes suivant differents criteres (mot-clefs, taxonomie, bibliographie ...).
 En particulier, il est possible de recuperer la liste des genes qui ont ete 
sequences simultanement dans plusieurs especes donnees. 
Le logiciel graphique "hovergen" permet de visualiser les arbres phylogenetiques
 de chaque famille de genes. Les genes sont colores en fonction de l'espece a 
laquelle ils appartiennent. L'utilisateur a directement acces aux informations 
GenBank simplement en cliquant sur les genes de l'arbre. De meme, il peut 
visualiser immediatement l'alignement proteique des genes qu'il a selectionne 
sur l'arbre.
	Cet outil graphique permet donc un acces simple a toutes les 
informations necessaires pour interpreter les relations d'homologie entre les 
genes: arbres phylogenetiques des familles de genes, taxonomie, donnees de 
GenBank et alignements proteiques.


Le fichier hovergen.art contient une description plus complete du contenu de 
HOVERGEN. hovergen.doc est un mode d'emploi du logiciel graphique "hovergen". 
Le fichier HELP (dans le repertoire hovergen.dir) contient le mode d'emploi du 
logiciel "query".
Le fichier "hovergen_screen.gif" contient une image de l'ecran de hovergen, au 
format gif.

Il est preferable de travailler sur une station couleur, mais hovergen 
fonctionne aussi sur machine noir & blanc.


HOVERGEN fonctionne sur: 
	Sun (SunOS [4.0 ou plus] ou Solaris).
	DecAlpha OSF/1 V1.3	
	IBM RS6000		
	SGI IRIX 5.3

Prenez contact avec nous pour installer HOVERGEN sur d'autres machines.

HOVERGEN est distribue par ftp anonyme a l'adresse internet suivante:

biom3.univ-lyon1.fr    ou    134.214.92.37
dans le repertoire /pub/hovergen

ATTENTION: HOVERGEN occupe beaucoup de place (environ 450 Mo).
Une petite version de demonstration (15 Mo) est egalement proposee sur ce site 
ftp pour ceux qui souhaitent simplement tester HOVERGEN.

HOVERGEN est mise a jour a chaque nouvelle version de GenBank.

L'installation de HOVERGEN est decrite dans le fichier INSTALL


HOVERGEN peut egalement etre utilisee (via X-window) sur le serveur du Pole 
Bioinformatique CNRS-INSERM de Villejuif. Pour obtenir un compte sur ce 
serveur, faites une demande a P. Dessen "dessen@genome.inserm-vjf.fr" 
(Ce service est reserve aux chercheurs appartenant a des organismes publics 
francais: CNRS, INSERM, INRA, INRIA, Universites...).


Si vous voulez etre tenu informe des nouvelles versions d'HOVERGEN, envoyez un
message a "duret@biomserv.univ-lyon1.fr" pour etre ajoute a la mail-list.

REMARQUE: cette premiere version de HOVERGEN necessite sans doute quelques 
ameliorations. N'hesitez pas a nous faire part de vos suggestions et a nous 
signaler les bugs eventuels!

Pour faire reference a HOVERGEN, citez:
L. Duret, D. Mouchiroud & M. Gouy (1994) HOVERGEN: a Database of 
Homologous Vertebrate Genes. Nucleic Acids Research 22:2360-2365

Laurent Duret
Laboratoire de Biometrie, Genetique et Biologie des Populations
URA CNRS 243 Universite Claude Bernard - Lyon I
43, Bd du 11 Novembre 1918 F-69622 Villeurbanne cedex

Tel: 	+33 72.44.81.42
E-mail:	duret@biomserv.univ-lyon1.fr