HOVERGEN Homologous Vertebrate Genes Data Base HOVERGEN est une banque de donnees des genes homologues de vertebres. L'objectif initial de HOVERGEN est de permettre a l'utilisateur de selectionner des ensembles de genes homologues connus dans n especes differentes. HOVERGEN est donc particulierement utile pour differents domaines d'etude: - analyse comparative de sequences - phylogenie - evolution moleculaire D'un point de vue plus general, HOVERGEN permet d'avoir une vision claire de l'ensemble des sequences connues dans une famille de genes donnee. HOVERGEN contient differentes donnees: - le sous-ensemble de GenBank correspondant aux sequences nucleaires et mitochondriales de vertebres, structure sous ACNUC. Les genes proteiques ont ete classes par famille. - les alignements multiples des genes proteiques appartenant a une meme famille. - les arbres phylogenetiques de chaque famille de genes. Le logiciel "query" permet d'interroger la banque de sequences, de selectionner les genes suivant differents criteres (mot-clefs, taxonomie, bibliographie ...). En particulier, il est possible de recuperer la liste des genes qui ont ete sequences simultanement dans plusieurs especes donnees. Le logiciel graphique "hovergen" permet de visualiser les arbres phylogenetiques de chaque famille de genes. Les genes sont colores en fonction de l'espece a laquelle ils appartiennent. L'utilisateur a directement acces aux informations GenBank simplement en cliquant sur les genes de l'arbre. De meme, il peut visualiser immediatement l'alignement proteique des genes qu'il a selectionne sur l'arbre. Cet outil graphique permet donc un acces simple a toutes les informations necessaires pour interpreter les relations d'homologie entre les genes: arbres phylogenetiques des familles de genes, taxonomie, donnees de GenBank et alignements proteiques. Le fichier hovergen.art contient une description plus complete du contenu de HOVERGEN. hovergen.doc est un mode d'emploi du logiciel graphique "hovergen". Le fichier HELP (dans le repertoire hovergen.dir) contient le mode d'emploi du logiciel "query". Le fichier "hovergen_screen.gif" contient une image de l'ecran de hovergen, au format gif. Il est preferable de travailler sur une station couleur, mais hovergen fonctionne aussi sur machine noir & blanc. HOVERGEN fonctionne sur: Sun (SunOS [4.0 ou plus] ou Solaris). DecAlpha OSF/1 V1.3 IBM RS6000 SGI IRIX 5.3 Prenez contact avec nous pour installer HOVERGEN sur d'autres machines. HOVERGEN est distribue par ftp anonyme a l'adresse internet suivante: biom3.univ-lyon1.fr ou 134.214.92.37 dans le repertoire /pub/hovergen ATTENTION: HOVERGEN occupe beaucoup de place (environ 450 Mo). Une petite version de demonstration (15 Mo) est egalement proposee sur ce site ftp pour ceux qui souhaitent simplement tester HOVERGEN. HOVERGEN est mise a jour a chaque nouvelle version de GenBank. L'installation de HOVERGEN est decrite dans le fichier INSTALL HOVERGEN peut egalement etre utilisee (via X-window) sur le serveur du Pole Bioinformatique CNRS-INSERM de Villejuif. Pour obtenir un compte sur ce serveur, faites une demande a P. Dessen "dessen@genome.inserm-vjf.fr" (Ce service est reserve aux chercheurs appartenant a des organismes publics francais: CNRS, INSERM, INRA, INRIA, Universites...). Si vous voulez etre tenu informe des nouvelles versions d'HOVERGEN, envoyez un message a "duret@biomserv.univ-lyon1.fr" pour etre ajoute a la mail-list. REMARQUE: cette premiere version de HOVERGEN necessite sans doute quelques ameliorations. N'hesitez pas a nous faire part de vos suggestions et a nous signaler les bugs eventuels! Pour faire reference a HOVERGEN, citez: L. Duret, D. Mouchiroud & M. Gouy (1994) HOVERGEN: a Database of Homologous Vertebrate Genes. Nucleic Acids Research 22:2360-2365 Laurent Duret Laboratoire de Biometrie, Genetique et Biologie des Populations URA CNRS 243 Universite Claude Bernard - Lyon I 43, Bd du 11 Novembre 1918 F-69622 Villeurbanne cedex Tel: +33 72.44.81.42 E-mail: duret@biomserv.univ-lyon1.fr