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			INTERROGATION ACNUC

DESCRIPTION

   Choix 1 : Interrogation de la banque GenBank 
   Choix 2 : Interrogation de la banque EMBL 
   Choix 3 : Interrogation de la banque NBRF 
   Choix 4 : Interrogation de la banque SWISSPROT + SPTREMBL
   Choix 5 : Interrogation de la banque NRSUB (Bacillus subtilis)
   Choix 6 : Interrogation de la banque HOVERGEN (vertebres)

   Choix 7 : Interrogation de la banque GenBank en X window
   Choix 8 : Interrogation de la banque EMBL en X window
   Choix 9 : Interrogation de la banque NBRF en X window
   Choix 10: Interrogation de la banque SWISSPROT + SPTREMBL en X window
   Choix 11: Interrogation de la banque NRSUB (Bacillus subtilis) en X window
   Choix 12: Interrogation de la banque HOVERGEN (vertebres) en X window


Pour Genbank et EMBL, l'interrogation sous ACNUC porte sur les Releases de ses
banques (tous les 2 mois) et les sequences cumulees depuis la derniere release
(sequences New ou updates).
Pour Swissprot , l'interrogation porte sur la derniere release de swissprot, 
la derniere release de SPTrembl, les sequences cumulees de SwissProt, de 
SPtrembl depuis la derniere release.

UTILISATION PAR COMMANDES

	Command? (H for command list)
	Ce message permet la selection d'une commande . 
	h  : liste des commandes
	k  : liste de mots cles compatibles avec une chaine de caractere donnee
	sp : liste de noms d'especes compatibles avec une chaine de caractere
	     donnee
	co : liste des codes (journal,annee,type,organelle,molecule,status) 
	se : selection de sequences en banque, les sequences resultantes sont
	     fournit dans une liste.
	    (@ peut etre utilise comme caractere joker a differentes positions)
	     Differents criteres de selection conduisant a des listes de 
	     mnemoniques structures:
		sp=espece (sp=mamm@  pour MAMMALS, MAMMALIAN ou MAMMIFERE)
		fs=fichier de noms d'especes
		k=mot cle (k=@globlin@)
		fk=fichier de mots cles
		r=reference
		j=journal
		y=annee (ou y>annee ou y<annee)
		au=auteur (au=@ORMOND@)
		t=type de sequence (t=cds sequence codante)
		o=organelle (o=Mitochondrion)
		m=molecule (m=DNA)
		st=statut (st=full)
		n=nom sequence
		ac=numero d'accession
		f=nom fichier (noms de sequences issues de SAVE)
	    Combinaisons de criteres:
		critere1 et critere2 
		critere1 ou critere2
		(critere1 ou critere2)et critrere3
		no critere1
		exemple : list1 et sp=mammalia et no o=mitochondrion
	    Operations:
		me list1  sequences meres issues des sous-sequences de list1
		fi list1  sequences meres et sous-sequences de list1
		ps list1  produit une liste (list2) de noms d'especes de list1
		pk list2  produit une liste (list3) de mots cles de list1
		un list4  produit une liste de sequences issues 
				soit d'une liste de nom d'especes (list2)
				soit d'une liste de mots cles (list3)
		sd list   produit une liste de descendances appliquee a une
			  liste arborescentes d'especes 
		kd list   produit une liste de descendances appliquee a une
			  liste arborescentes de mots cles 
	fi : recherches de sequences par leur nom ou numero d'accession
	mo : modifications d'une liste
	na : noms et longueurs des sequences
	sh : description succincte de sequences
	in : information sur les sequences
	ba : liste des nucleotides
	ex : extractions de sequences ou sous-sequences sur fichier
	sa : sauvegarde d'une liste de nom de sequence sur fichier
		save/ac : liste de num. d'accession.
		save/gcg: liste de nom de sequence au format FOSN
	li : noms, longueurs et descriptions des listes courantes
	de : effacer la liste courante
	te : configuration pour la gestion de l'ecran
	st : quitte le programme acnuc

Une documentation generale sur les commandes est proposee sous ACNUC
apres le message suivant:
	Command? (H for command list)
	taper h <return>).

Chaque commande est documentee par une aide en ligne apres avoir execute une 
commande acnuc.
	exemple:aide en ligne de la commande SELECT
 	Command? (H for command list)
	taper select <return>
 	Enter your selection criteria, or H(elp) 
	taper h <return>

SYNTAXE (hors MENU)

	Usage: acnuc [-nw] -b <banque>
	banque = genbank - embl - nbrf - nrsub - swissprot - hovergen
 	nw     = version no window
	exemple: acnuc -nw -b embl
		
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