Ce programme permet d'estimer la taille de fragments d'ADN ayant migré sur gel d'agarose ou de polyacrylamide. Il provient du programme SIZE (*) développé à Strasbourg pour l'analyse automatique avec un digitaliseur. Il est basé sur la relation de SOUTHERN : mobilité x longueur = constante Cette relation donne une meilleure précision que la méthode d'analyse semi-logarithmique. (*) C. TOLSTOSHEV . Thèse d'Université . Strasbourg (1985) Schaeffer H.E et Sederov R.R (1981) Anal. Biochem. 100, 319. EXECUTION : ========== CALCUL DE LA COURBE STANDARD: Donnez le nombre de standards Entrez les tailles des standards Validez la liste par -1 (Rtn) Entrez les mobilités des standards Les tailles et les mobilités peuvent être entrées dans n'importe quelle unité, mais ces unités doivent rester constantes. Les mobilités (déplacement des bandes) doivent être entrées à partir d'une même position relative sur le gel. Il est possible de modifier la taille d'un standard avant la validation de la liste. Le programme indique les valeurs calculées des tailles selon la loi de migration et les mobilités introduites. Analyse de la courbe standard : STD LEN DIST PRED LEN DEV %D C(I) 1353.0 11.918 1354.500 -1.500 -0.111 18366.886 1078.0 13.319 1091.741 -13.741 -1.275 18234.730 872.0 15.020 853.003 18.997 2.179 18614.880 603.0 17.520 601.548 1.452 0.241 18402.256 310.0 21.919 317.867 -7.867 -2.538 18229.481 276.0 22.819 275.110 0.890 0.322 18398.633 234.0 23.718 236.055 -2.055 -0.878 18337.512 198.0 24.718 196.359 1.641 0.829 18416.871 118.0 27.018 117.443 0.557 0.472 18394.265 72.0 28.618 70.804 1.196 1.661 18411.717 MO = 2.69407 LO = -638.22085 CBAR = 18380.72314 SC = 107.65743 SD = 9.45193 STD LEN longueur des fragments DIST mobilité des fragments (en mm par exemple) PRED LEN longueur prédite des tailles des fragments DEV différence STD LEN - PRED LEN % DEV pourcentage de déviation C(I) constante utilisée par l'analyse MO décalage de mobilité LO décalage de longueur CBAR valeur moyenne de C SC déviation standard de C SD déviation standard de la courbe standard DETERMINATION DES TAILLES DES FRAGMENTS INCONNUS : Il est possible dans un même calcul d'entrer jusqu'à 200 bandes sur un maximum de 10 canaux. Entrez les valeurs de mobilités (dans les mêmes conditions que les standards). Un point décimal est INDISPENSABLE pour une bonne validation. Le changement de canal s'effectue en entrant la valeur 0. La fin de l'entrée d'effectue en entrant une valeur négative. Exemple de sortie : MOBILITIES ------------------------------------------------------------------ 1 2 3 4 ------------------------------------------------------------------ ! 18.700 ! 13.900 ! 16.100 ! 16.500 ! ! 20.300 ! 18.700 ! 20.300 ! 21.300 ! ! 21.240 ! 21.000 ! 22.600 ! 22.900 ! ! 22.500 ! 23.700 ! 0.000 ! 24.100 ! ! 23.800 ! 0.000 ! 0.000 ! 24.800 ! ! 25.900 ! 0.000 ! 0.000 ! 25.800 ! PREDICTED SIZES ------------------------------------------------------------------ 1 2 3 4 ------------------------------------------------------------------ ! 510. ! 1002. ! 733. ! 693. ! ! 406. ! 510. ! 406. ! 350. ! ! 353. ! 366. ! 285. ! 271. ! ! 290. ! 237. ! 0. ! 220. ! ! 233. ! 0. ! 0. ! 193. ! ! 154. ! 0. ! 0. ! 157. !