catseq

Programme d'extraction de sequences de banques suivant un catalogue.
Les sequences sont extraites dans des fichiers personnels avec
differents formats possibles. L extraction peut se faire entre 
une ou deux bornes.

voir transat (meme specifications).

Exemple :
---------

lovelace$ sqx
        usage:  sqx helpsqx
sqx> catseq
 Sequences extraites dans des fichiers personnels :
          Format micro (; et //)            (M)
          Format texte (rien)               (S)
          Format FASTA (>)                  (F)
          sur le terminal     (Return = defaut)
F
 Extraction: GenBank(G) EMBL(E) NBRF(N) SwissProt(S) Personnel (P) Return=FIN
G
 Nom du fichier catalogue de mnemoniques
duche
 Extraction des sequences
    autour d une position                1
    entre deux positions                 2
    sur toute la longueur   [defaut = Rtn]

 Attention : tous les fichiers de noms de sequences
 du catalogue seront effacés
 Debut de transfert Appuyer sur Return      F = FIN

>HSDMD17             1041
>HSDMDGP             1510
>HSDMDR             12446
>HSDYSE51            3159
>HSDYSRP             1470
>HSDYSTRAO           2247
>HSFIL1296           1296
>HSMUPS             10302
>HSU08895            1404
>HSU29586            1216
>HSU43519            3499
>HSU60822          112359
>HSU94396            8240
>HUMACF7A            1157
>HUMADHA             1434
>HUMBSYN2            2978
>HUMDMDH             2537
>HUMDYS             13957
>HUMDYSGP            2202
>HUMDYSIN7           4741
>HUMDYSKW            1203
>HUMDYSTRO          14871
>HUMDYSTROP         38770
>HUMPGMR             2292
 Nombre de sequences    25
Date =  9-Feb-98  Heure = 20:14:23  Temps ecoule =   14.40 (s)
sqx>
sqx> ls
duche       hsdysrp     hsu29586    humadha     humdysin7
hsdmd17     hsdystrao   hsu43519    humbsyn2    humdyskw
hsdmdgp     hsfil1296   hsu60822    humdmdh     humdystro
hsdmdr      hsmups      hsu94396    humdys      humdystrop
hsdyse51    hsu08895    humacf7a    humdysgp    humpgmr