CE PROGRAMME PERMET DE RECHERCHER A PARTIR D'UNE PROTEINE DONNEE UN MELANGE
DE SONDES DE DEGENERESCENCE MINIMALE. DES PARAMETRES GENERAUX PERMETTENT DE
DEFINIR LA LONGUEUR MINIMALE ET MAXIMALE DES OLIGONUCLEOTIDES AINSI QUE LA
DEGENERESCENCE MAXIMALE DU MELANGE.L'AJOUT D'OPTIONS COMPLEMENTAIRES PERMET
DE DIMINUER LA DEGENERESCENCE INITIALE.ENFIN IL EST PROPOSE UNE RECHERCHE
D'HOMOLOGIES ENTRE LES OLIGONULEOTIDES OBTENUS ET UNE BANQUE NUCLEIQUE OU
EXTRACTION DE CETTE DERNIERE.
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Q. DEFINITION DE LA PORTION DE PROTEINE ETUDIEE
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Q. DEGENERESCENCE MAXIMALE  DE LA SONDE ?
       CE SERA LE NOMBRE MAXIMAL D'OLIGONUCLEOTIDES PROPOSES DANS LE MELANGE
       (POUR UNE REGION DONNEE DE LA PROTEINE).
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Q.  LONGUEUR MINIMALE DE LA SONDE  (RETURN=14 BASES)
        CE PARAMETRE DEFINIT LA LONGUEUR MINIMALE DES OLIGONUCLEOTIDES
        COMPOSANT LE MELANGE.
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Q.  LONGUEUR MAXIMALE DE LA SONDE  (RETURN=50 BASES)
        CF PRECEDEMMENT POUR LA LONGUEUR MAXIMALE
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Q.  ELIMINATION DES CODONS LES MOINS FREQUENTS ?        (O/N)
    SI OUI :
    Q. NOM DU FICHIER PERSONNEL CONTENANT LA FREQUENCE DES CODONS
    Q. POUR QUEL SEUIL L'ELIMINATION DOIT-ELLE SE FAIRE ?  (RETURN=5%)
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       CETTE OPTION PERMET D' ELIMINER LES  CODONS LES MOINS  FREQUENTS
       D' APRES L' USAGE DES CODONS OBSERVE CHEZ L' ORGANISME ETUDIE.
       POUR CELA, LE PROGRAMME EXPLOITERA :
        - SOIT LES FREQUENCES DES CODONS RARES DEJA RECENSEES  POUR  UN
          ORGANISME DONNE (HOMME, BOVIN, LEVURE, ESCHERICHIA COLI, RAT-
          SOURIS, DROSOPHILE)
        - SOIT LES FREQUENCES CONTENUES DANS UN FICHIER PERSONNEL CONS-
          TITUE GRACE AU PROGRAMME 3-4.
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Q. REMPLACEMENT DES BASES G-A PAR G ?         (O/N)
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Q. REMPLACEMENT DES BASES T-C PAR T ?         (O/N)
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       CES OPTIONS, UTILISANT LE FAIT QUE L'APPARIEMENT G-T A UNE STABI-
       LITE SUPERIEURE A L'APPARIEMENT A-C, PERMETTENT DE CHOISIR PREFE-
       RENTIELLEMENT LA BASE G A LA BASE A  ET/OU  LA BASE T A LA BASE C.
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Q. REMPLACEMENT DES BASES T-A-G PAR L'INOSINE ?      (O/N)
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       CETTE OPTION PRENANT EN COMPTE LES POSSIBILITES D' APPARIEMENT DE
       L'INOSINE AVEC LES BASES A,G,T , PERMET LORSQU'IL Y A AMBIGUITE DE
       REMPLACER A,T,C PAR CETTE DERNIERE.
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   LE NOMBRE DE "SONDES" DETERMINEES EN FONCTION DU PARAMETRAGE CHOISI
   EST ALORS DONNE :
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Q. COMBIEN DE GROUPES VOULEZ-VOUS EDITER ?     (RETURN=TOUS ,AUCUN=-1)
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   POUR CHAQUE "SONDE" EDITEE , IL EST POSSIBLE DE CONSERVER LES OLIGO-
   NUCLEOTIDES CORRESPONDANTS AFIN DE LES COMPARER AVEC UNE BANQUE :
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Q. VOULEZ-VOUS SAUVEGARDER CES SONDES DANS UN FICHIER ?     (O/Q/N)
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   ENFIN, IL EST POSSIBLE DE PROCEDER A LA COMPARAISON DES SONDES AVEC UNE
   DES BANQUES D'ACIDES NUCLEIQUES PROPOSEES OU DANS LA MESURE DU POSSIBLE
   AVEC UNE EXTRACTION DE CES DERNIERES  (PG 1-2,1-3) QUI PERMETTRA DE RE-
   DUIRE LE TEMPS DE RECHERCHE.
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Q. BANQUE GENBANK (G)   -   EMBL (E)   -   PERSONNELLE (P)
      DANS LE CAS DE  P  IL S AGIT D UN CATALOGUE DE SEQUENCES PERSONNELLES
      SAISI PAR LE PROGRAMME 2-4.
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Q. FICHIER D'EXTRACTION          DATA = BANQUE ENTIERE
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   LE PROGRAMME DE RECHERCHE S'EXECUTE ALORS IMMEDIATEMENT.