SIGNPT

Ce programme permet de rechercher le long d'une sequence proteique une
sequence consensus decrite par une syntaxe simple.
Cette sequence consensus est traduite en une ou plusieurs matrices en
fonction de la presence d'insertions possibles.
.
Le programme permet de faire la recherche sur :

= un motif entre au clavier .
    Dans cette option, la recherche peut etre faite finement en precisant
    un score pour chacun des sous-motifs fixes.

= une liste des signatures de la bases PROSITE
    Dans cette option, la recherche peut se faire en limitant les
    recherches a des probabilites inferieures a un seuil et avec des 
    mismatches.

= une liste de motifs de domaines de transcriptions DOMAIN de TFD

= une liste personnelle, qui peut etre cree par l'utilisateur 
    dans le repertoire personnel. Ce fichier doit respecter la
    structure suivante (3 lignes par motifs) :

ligne de titre
motif consensus
//
exemple :
Protein kinase C phosphorylation sites
(ST)X(RK)
//
.
Description des motifs consensus :
==================================
L'analyseur syntaxique decompose le pattern en autant de matrices
numeriques que de blocs sans intervalle variable.
.
Les regles suivantes  doivent etre respectees :
=   lettres A-Z correspondant aux acides amines
=   ambiguite inclusive   (ILVM)
=   ambiguite exclusive   {FWY}         ( aucun aromatique a cette position)
=   caractere positionnel indifferent    X ou '-'
=   presence ou absence d'un quelconque caractere   '.'
                        la succession de 2 '.' ('..') est equivalent a (0-2)
=   insertions min-max    (2-4)
=   option motif cadré ŕ gauche (utilisation du caractere < a gauche du motif)
=   option motif cadré ŕ droite (utilisation du caractere > a droite du motif)

Chaque matrice est remplie de 0 ou de 1 selon la presence ou l'absence de
lettres a chaque position.
Le score correspond au nombre de lettres presentes, cumulees sur toutes les
matrices.
.
Utilisation :
=============

Option M
--------
Type de donnee :
nnelle (P) - NBRF (N)  (Retour au menu = Return)   p
 Nom du fichier personnel  ? = Liste de vos Fichiers    Return = Choix precedent
zmrsec
  PREMIERE POSITION  NO =     RETURN = 1  FIN = -1
  DERNIERE POSITION  NO =     RETURN =   677

 Entree de motifs au clavier                   M
 Catalogue signatures PROSITE                  R
 Catalogue de domaines de Transcriptions       D
 Liste personnelle                             P
M
     zmrsec             677     1   677

 Saisir le motif :
K(ILVM)(ST)(KR)S
 EDITION DE(S) LA MATRICE(S) ?    (O/N)
O
 SIGNAL 1:

 A      0   0   0   0   0
 C      0   0   0   0   0
 D      0   0   0   0   0
 E      0   0   0   0   0
 F      0   0   0   0   0
 G      0   0   0   0   0
 H      0   0   0   0   0
 I      0   1   0   0   0
 K      1   0   0   1   0
 L      0   1   0   0   0
 M      0   1   0   0   0
 N      0   0   0   0   0
 P      0   0   0   0   0
 Q      0   0   0   0   0
 R      0   0   0   1   0
 S      0   0   1   0   1
 T      0   0   1   0   0
 V      0   1   0   0   0
 W      0   0   0   0   0
 Y      0   0   0   0   0
 B      0   0   0   0   0
 Z      0   0   0   0   0
 X      0   0   0   0   0
 -      0   0   0   0   0

 Recherche du motif exact ?  (N/O)
O
 SIGNAL 1:
 Impression :  Totale (1)   Condensee (2)    (Return = 1)
1
 ========================================================================
 Consensus  K(ILVM)(ST)(KR)S
 Probabilite motif exact = 0.9293E-05    Nombre prevu au hasard = 0.0063

  1.  SCORE   5     333 - 337   KMSKS

    333
      KMSKS
      *****
 ========================================================================

 Personnelle (P) - NBRF (N)  (Retour au menu = Return) P
 Nom du fichier personnel  ? = Liste de vos Fichiers    Return = Choix precedent
zfmtsec
  PREMIERE POSITION  NO =     RETURN = 1  FIN = -1
  DERNIERE POSITION  NO =     RETURN =   314
 Entree de motifs au clavier                   M
 Catalogue signatures PROSITE                  R
 Catalogue de domaines de Transcriptions       D
 Liste personnelle                             P
R
 Nom du fichier d'extraction PROSITE (ou meme format) ?
 (pour le balayage complet de PROSITE, saisir PROSITE)
PROSITE
 Seuil maximum de probabilite du motif ?   (RETURN = 1)
0.001
 Nombre maximum de mismatchs ?   (RETURN = 0)


     zfmtsec            314     1   314
========================================================================
 GART; PATTERN.                          PS00373;  PDOC00319;
 Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site.
 Consensus  GX(STM)(IVT)X(FYWVQ)(VMAT)X(DEVM)X(LIVM)DXGXX(LIT)XXXXXX(LIVM)
 Probabilite motif exact = 0.1169E-07    Nombre prevu au hasard = 0.0000


    135       145       155
      GVTIMQMDVGLDTGDMLYKLSCPI
      *-**-**-*-**-*--*------*


 ========================================================================
  Nombre de motifs recherches     913
  Nombre de motifs caracterises   1


 Type de donnee :
 Personnelle (P) - NBRF (N)  (Retour au menu = Return)

Note : La probabilite d'occurence du motif exact est calculee
sur la base d'une composition moyenne de proteines en aminoacides.
Elle depend bien sur de la complexite des motifs (les sites
de glycosylation, par exemple, sont tres probables).
Il est possible lors de la recherche sur la base entiere de filtrer
les reponses avec un seuil maximum (0.01 peut etre une bonne valeur)