Ce programme calcule le moment d'hydrophobicité et l'hydrophobicité d'une protéine suivant la méthode et en utilisant les valeurs numériques de l'article de D. Eisenberg (J. Mol. Biol, 1984, 125-142) Son principe est simple: Sur une fenêtre de 7 à 19 residus (parametrable) sont calculés - d'une part l'hydrophobicité moyenne (scalaire) - d'autre part le moment d'hydrophobicité (moyenne vectorielle correspondant à l'hypothèse d'une structure régulière de la chaine d'acides aminés). . Pour une structure en hélice alpha (3,5 résidus par tour), ceci correspond à un angle de 100 degrés entre les orientations potentielles de chaque résidu. Pour une structure en feuillet bêta (2 résidus par tour), ceci correspond à 180 degrés. . Les fenêtres conduisant à un moment de valeur élevée pour ces prédictions conduiront en général à une prédiction forte pour l'une ou l'autre des structures. Il est conseillé de choisir N=11 et D=100 pour une prédiction en hélice (3 à 4 tours d'hélice) . Avec les équations : = 1/N*[[SOM(N=1,N) HN*SIN(D*N)]!2 +[SOM(N=1,N) HN*COS(D*N)]!2]] 1/2 \H\ = 1/N * [SOM(N=1,N) HN ] où est le moment d'hydrophobicité sur la fenêtre \H\ est l'hydrophobicité moyenne sur la fenêtre HN est l'hydrophobicité du nième residu D est l'angle considéré N est la fenêtre de calcul sur la séquence de résidus . Le programme implanté est une version modifiée d'une source FORTRAN fournie gracieusement par S. Varenne (CBBM, Marseille) Il a été étendu au calcul simultané de deux moments et à la possibilité de lisser les résultats. Le lissage est triangulaire : Facteur de pondération de 1 sur le résidu I , et de 0 sur les résidus I-(IWNL+1)/2 et I+(IWNL+1)/2 si IWNL est la fenêtre de lissage. Exemple d'exécution : -------------------- TYPE DE DONNEE PERSONNELLE (P) - NBRF (N) - GENPRO (O) RETURN = menu n MNEMO DE LA SEQ (16 C MAX) RETURN = RETOUR CHOIX PRECEDENT lzch Position Debut N° (Rtn = 1 -1 = Retour au menu) Position Fin N° (Rtn = 147) TAILLE DE LA FENETRE (Saisir un nombre impair) ? (Rtn = 11) ANGLE EN DEGRE (HELICE ALPHA) ? (Rtn = 100) ANGLE EN DEGRE (FEUILLET BETA) ? (Rtn = 180) SORTIE TABLEAU DE DONNEES (A) SORTIE MOYENNE PAR FENETRE (M) GRAPHIQUE TEKTRONIX (T) PAS DE SORTIE NUMERIQUE (N) A LZCH 1 147 FENETRE = 11 ANGLE A =100 ANGLE B =180 No RESIDU AA MOMENT A MOMENT B 6 I ILE 2.2800 0.1747 0.0145 7 L LEU 2.5500 0.2417 0.3527 8 V VAL 4.2400 0.2043 0.4309 9 L LEU 5.0300 0.0901 0.3873 10 C CYS 4.7500 0.0536 0.4309 ... 132 R ARG -4.8000 0.0555 0.8273 133 C CYS -4.8000 0.2235 0.1436 134 K LYS -5.7400 0.1847 0.7745 135 G GLY -5.8600 0.0811 0.3364 136 T THR -3.7300 0.1846 0.4091 137 D ASP -2.3600 0.1499 0.1527 138 V VAL -2.3600 0.1372 0.0436 139 Q GLN -2.2400 0.2039 0.4800 140 A ALA -1.1000 0.2955 0.2727 141 W TRP -3.0200 0.2907 0.5018 142 I ILE -2.3100 0.3213 0.0145 CALCUL SUR 1 - 147 Hydroph.scal. Moy =-1.618 Min =-5.860 Max = 5.030 Moment A Moy = 0.183 Min = 0.010 Max = 0.416 Moment B Moy = 0.273 Min = 0.007 Max = 0.827 IMPRESSION DES PEPTIDES AU DESSUS D'UN SEUIL : (S) moment A(A) moment B(B) sans (N) S SEUIL POUR L'IMPRESSION ? ...