MODFASTA


Programme (script perl) permettant d'extraire (ou de supprimer) 
des sequences dans un fichier FASTA.

Mode commande :
---------------

$modfasta  fichier_sequences fichier_catalogue [-v] [>out]

  fichier_sequences    fichier contenant les sequences (FASTA)
  fichier_catalogue    fichier contenant uniquement les identifieurs
  option  -v absente   defaut : extraction selon le catlogue
  option  -v                    suppression selon le catalogue
         
  Le mode commande est recommandé pour écrire dans un fichier de
  sortie.

Mode interactif :
---------------- 
sqx> modfasta
Programme MODFASTA
modifiant un fichier de séquences au format FASTA
suivant un cataloguie d identifieurs
  fonction extraction (défaut)
  fonction suppression si présence de l'option  S

Nom du fichier de séquences FASTA
ttfas
Nom du fichier catalogue
ttcat1
Fonction extraction  suivant catalogue (Défaut = Return)
Fonction suppression suivant catalogue (* S *)

>ECAE000111.THRB         311 residues
MVKVYAPASSANMSVGFDVLGAAVTPVDGALLGDVVTVEAAETFSLNNLGRFADKLPSEP
RENIVYQCWERFCQELGKQIPVAMTLEKNMPIGSGLGSSACSVVAALMAMNEHCGKPLND
TRLLALMGELEGRISGSIHYDNVAPCFLGGMQLMIEENDIISQQVPGFDEWLWVLAYPGI
KVSTAEARAILPAQYRRQDCIAHGRHLAGFIHACYSRQPELAAKLMKDVIAEPYRERLLP
GFRQARQAVAEIGAVASGISGSGPTLFALCDKPETAQRVADWLGKNYLQNQEGFVHICRL
DTAGARVLEN*
>ECAE000111.THRC         429 residues
MKLYNLKDHNEQVSFAQAVTQGLGKNQGLFFPHDLPEFSLTEIDEMLKLDFVTRSAKILS
AFIGDEIPQEILEERVRAAFAFPAPVANVESDVGCLELFHGPTLAFKDFGGRFMAQMLTH
IAGDKPVTILTATSGDTGAAVAHAFYGLPNVKVVILYPRGKISPLQEKLFCTLGGNIETV
..
>ECAE000112.YAAI         135 residues
MKSVFTISASLAISLMLCCTAQANDHKLLGAIAMPRNETNDLALKLPVCRIVKRIQLSAD
HGDLQLSGASVYFKAARSASQSLNIPSEIKEGQTTDWININSDNDNKRCVSKITFSGHTV
NSSDMATLKIIGDD*


Fichier sequences :
-------------------

sqx> more ttfas
>ECAE000111.THRL          22 residues
MKRISTTITTTITITTGNGAG*
>ECAE000111.THRA         821 residues
MRVLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDA
LPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINA
ALICRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTRRIAASRIP
..
NLSQLDDLFAARVAKARDEGKVLRYVGNIDEDGVCRVKIAEVDGNDPLFKVKNGENALAF
YSHYYQPLPLVLRGYGAGNDVTAAGVFADLLRTLSWKLGV*
>ECAE000111.THRB         311 residues
MVKVYAPASSANMSVGFDVLGAAVTPVDGALLGDVVTVEAAETFSLNNLGRFADKLPSEP
RENIVYQCWERFCQELGKQIPVAMTLEKNMPIGSGLGSSACSVVAALMAMNEHCGKPLND
TRLLALMGELEGRISGSIHYDNVAPCFLGGMQLMIEENDIISQQVPGFDEWLWVLAYPGI
KVSTAEARAILPAQYRRQDCIAHGRHLAGFIHACYSRQPELAAKLMKDVIAEPYRERLLP
..

Fichier catalogue :
-------------------

sqx> more ttcat1
ECAE000111.THRB
ECAE000111.THRC
ECAE000111.YAAJ
ECAE000111.YAAH
ECAE000112.PE1
ECAE000112.YAAI