slice

Programme utilitaire permettant de decouper une sequence (de longueur
inferieure a 2 000 000 lettres) en sequences plus petites avec la
possibilite de traduction sur 3 ou 6 phases.

1er cas : (sans traduction)
  generation de N fichiers (format FASTA) a partir du fichier initial 

2eme cas : (avec traduction)
  generation de N fichiers (format FASTA) a partir du fichier initial
  chaque fichier contient 3 ou 6 sequences proteiques (traductions des
  3 ou 6 phases ) 

La denomination des fichiers est automatiquement faite par 1 ou 2 
suffixes designant le fragement et ensuite le numero de la phase
(ainsi que la position)

Exemple sans traduction
-----------------------

sqx> slice
 Nom du fichier a eclater
DRUGRES
 DRUGRES                                    2189
 NOMBRE DE DIZAINES DE CARACTERES PAR LIGNE
 SUR LES FICHIERS      (DEFAULT=6   MAXIMUM=8)

  Nom generique en sortie
out
 Taille de decoupage (defaut = 50000)
500
 Traduction en 3, 6 phases (def= sans traduction)

 DEBUT DE TRANSFERT .....
 no traduction
>out_01                                         1     500
 no traduction
>out_02                                       501    1000
 no traduction
>out_03                                      1001    1500
 no traduction
>out_04                                      1501    2000
 no traduction
>out_05                                      2001    2189
sqx>

sqx> more out_01
>out_01                                         1     500
AAGCTTTAACAAACTGTATTTCTAAAAGAACGTTACTATACAATAAATTATAAAACTGCA
TTAACCAATGAAAAAAAGCACTATTAATCGAAACTCGAATATGCAATATTGTTAATGTAA
ATTAAGCTATCGGTCCGTTTATTTTTCTATCGAAAAGCGGCTTAGTTAGAATGGTTGATA
AACGCTGCGCTTCGTAAAAAGAAATGACATCTTGGAACTACTTTAAATAGAAGTTTAAAT
CTCATGATCATGCTCATCTGTTTGTACAACACATAAGCTTCACCGTCAGACATATATGCA
ATGAAGAGTACTTTGAGTTTAACTTTATGTGTTATATCGCTTCTATTAACCCTTTTTCTG
GCGGCCTTGGATATTGTTATAGTGGTTACTTTATATGATACAATTGGCATTAAGTTCCAT
GACTTCGGCAATATTGGTTGGTTAGTTACTGGATATGCTCTTTCTAATGCTGTTTTCATG
TTATTATGGGGTCGCTTGGC


Exemple avec traduction
----------------------- 

sqx> slice
 Nom du fichier a eclater
DRUGRES
 DRUGRES                                    2189
 NOMBRE DE DIZAINES DE CARACTERES PAR LIGNE
 SUR LES FICHIERS      (DEFAULT=6   MAXIMUM=8)

  Nom generique en sortie
out2
 Taille de decoupage (defaut = 50000)
500
 Traduction en 3, 6 phases (def= sans traduction)
6
 CHOIX DU CODE GENETIQUE :
   - Code genetique standard                              (1)
   - Code des mitochondries des levures                   (2)
   - Code des mitochondries des mammiferes                (3)
   - Code des mitochondries des champignons filamenteux   (4)
   - Code des mitochondries des insectes                  (5)
   - Code des mitochondries des plantes                   (6)
   - Code nucleaire des ciliatas                          (7)
   - Code personnel (a definir)                           (8)
 NUMERO DU CODE ?     (RETURN = 1)


 EDITION DU CODE GENETIQUE ?     (O/N)

 DEBUT DE TRANSFERT .....
 out2.001_1
>out2.001_1                                     1     502  1
 out2.001_2
>out2.001_2                                     1     502  2
 out2.001_3
>out2.001_3                                     1     502  3
>out2.001_4                                     1     502  4
>out2.001_5                                     1     502  5
>out2.001_6                                     1     502  6

..
>out2.005_1                                  2001    2189  1
 out2.005_2
>out2.005_2                                  2001    2189  2
 out2.005_3
>out2.005_3                                  2001    2189  3
>out2.005_4                                  2001    2189  4
>out2.005_5                                  2001    2189  5
>out2.005_6                                  2001    2189  6

sqx> more out2.001
>out2.001_1                                     1     502  1
KL*QTVFLKERYYTINYKTALTNEKKHY*SKLEYAILLM*IKLSVRLFFYRKAA*LEWLI
NAALRKKK*HLGTTLNRSLNLMIMLICLYNT*ASPSDIYAMKSTLSLTLCVISLLLTLFL
AALDIVIVVTLYDTIGIKFHDFGNIGWLVTGYALSNAVFMLLWGRL
>out2.001_2                                     1     502  2
SFNKLYF*KNVTIQ*IIKLH*PMKKSTINRNSNMQYC*CKLSYRSVYFSIEKRLS*NG**
TLRFVKRNDILELL*IEV*IS*SCSSVCTTHKLHRQTYMQ*RVL*V*LYVLYRFY*PFFW
RPWILL*WLLYMIQLALSSMTSAILVG*LLDMLFLMLFSCYYGVAW
>out2.001_3                                     1     502  3
ALTNCISKRTLLYNKL*NCINQ*KKALLIETRICNIVNVN*AIGPFIFLSKSGLVRMVDK
RCAS*KEMTSWNYFK*KFKSHDHAHLFVQHISFTVRHICNEEYFEFNFMCYIASINPFSG
GLGYCYSGYFI*YNWH*VP*LRQYWLVSYWICSF*CCFHVIMGSLG
>out2.001_4                                     1     502  4
AKRPHNNMKTALERAYPVTNQPILPKSWNLMPIVSYKVTTITISKAARKRVNRSDITHKV
KLKVLFIAYMSDGEAYVLYKQMSMIMRFKLLFKVVPRCHFFLRSAAFINHSN*AAFR*KN
KRTDSLIYINNIAYSSFD**CFFSLVNAVL*FIV**RSFRNTVC*S
>out2.001_5                                     1     502  5
SFNKLYF*KNVTIQ*IIKLH*PMKKSTINRNSNMQYC*CKLSYRSVYFSIEKRLS*NG**
TLRFVKRNDILELL*IEV*IS*SCSSVCTTHKLHRQTYMQ*RVL*V*LYVLYRFY*PFFW
RPWILL*WLLYMIQLALSSMTSAILVG*LLDMLFLMLFSCYYGVAW
>out2.001_6                                     1     502  6
QATP**HENSIRKSISSN*PTNIAEVMELNANCII*SNHYNNIQGRQKKG**KRYNT*S*
TQSTLHCIYV*R*SLCVVQTDEHDHEI*TSI*SSSKMSFLFTKRSVYQPF*LSRFSIEK*
TDR*LNLH*QYCIFEFRLIVLFFIG*CSFIIYCIVTFF*KYSLLKL