GETSQ

Programme de copie de sequence de banque (ou de sequence personnelle)
avec refformattage en sortie :

Les formats de sortie correspondent a :

1) Format STADEN (fichier texte seul)
   ===================================

MNKSQLIDKIAAGADISKAAAGRALDAIIASVTESLKEGDDVALVGFGTFAVKERAARTG
RNPQTGKEITIAAAKVPSFRAGKALKDAVN

2) Format Micro (avec 1ere ligne debutant par un ";")
   ==================================================
 Ce format est indispensable pour les logiciels ANALSEQ et 
trnascan

;DNECS1              90     1    90
MNKSQLIDKIAAGADISKAAAGRALDAIIASVTESLKEGDDVALVGFGTFAVKERAARTG
RNPQTGKEITIAAAKVPSFRAGKALKDAVN

3) Format FASTA (avec 1ere ligne debutant par un ">")
   ==================================================
 Ce format est compatible avec les logiciels CLUSTAL et CLUSTALV
Il peut etre transforme en un autre format par l utilitaire READSEQ

>DNECS1              90     1    90
MNKSQLIDKIAAGADISKAAAGRALDAIIASVTESLKEGDDVALVGFGTFAVKERAARTG
RNPQTGKEITIAAAKVPSFRAGKALKDAVN

4) Format PRIMER
   =============
Dans sa forme minimum d utilisation le logiciel PRIMER (prediction
d oligo de PCR) demande un fichier de sequence avec une 1ere
ligne ayant le format suivant. Pour une utilisation plus particuliere
il est necessaire de mettre d autres lignes .

*sequence: ECTHRINF          1000  1001  2000
CGTGGGCAGACAAAAAAGCACTTAACGCTTACCTGCAGCGCCTGGAAGAAGCCGCGAAAC
GCGACCACCGTAAAATCGGTAAACAGCTCGACCTGTACCATATGCAGGAAGAAGCGCCGG
GTATGGTATTCTGGCACAACGACGGCTGGACCATCTTCCGTGAACTGGAAGTGTTTGTTC
GTTCTAAACTGAAAGAGTACCAGTATCAGGAAGTTAAAGGTCCGTTCATGATGGACCGTG

5) Format SOPM
   ===========
Le logiciel SOPM de prediction de structure secondaire
developpe par G. Deleage necessite un format particulier
(non standard ) de sequence. La sequence debute par une ligne 
de titre et est terminee par une *. Ce format peut etre 
utilise par quelaues autres logiciels.

>ztoto             314     1   314
SESLRIIFAGTPDFAARHLDALLSSGHNVVGVFDMMMAFRD
GGGDSVNPKLASERTYTYTYT*


6) Format TREEALIGN
   ================
Le logiciel TreeAlign necessite d avoir les sequences a aligner
dans un fichier sequentiel avec le format suivant 

>
SEQUENCE1
SESLRIIFAGTPDFAARHLDALLSSGHNVVGVFDMMMAFRD
GGGDSVNPKLASERTYTYTYT*
>
SEQUENCE2
SESLRIIFAGTPDFAARHLDALLSSGHNVVGVFDMMMAFRD
GGGDSVNPKLASERTYTYTYT*
>
SEQUENCE3
SESLRIIFAGTPDFAARHLDALLSSGHNVVGVFDMMMAFRD
GGGDSVNPKLASERTYTYTYT*

Le programme necessite d avoir par ailleurs un fichier de parametres
par.dat

PRO(1)/DNA(0)  nuseq  a   b
ancerstorout usertree
fileseq
filetree
fileali
(voir documentation sur TREEALIGN)