Ce programme calcule sur une séquence de protéine (fichier personnel) la composition en nombre et en masse en acides aminés, la masse moléculaire totale, l'indice de polarité (pourcentage d'acides amineés hydrophiles), le point isoélectrique théorique, la densité optique à 260 et 280 nm et la composition atomique.. . Les masses moléculaires correspondent aux masses monoisotopique et moyenne (abondance naturelle) des résidus d'amino-acides. - EXECUTION - Q. NOM DE LA SEQUENCE (Voir Explications generales) - Q. POSITION DU PREMIER ACIDE NO = RETURN=1 FIN =-1 Q. POSITION DU DERNIER ACIDE NO = - PARAMETRES UTILISES - RESIDU COMPOSITION MASSE MOLECULAIRE POLARITE POINT ISOELECTRIQUE 1 PHE F C9H9NO 147.06841 147.1766 0 2 LEU L C6H11NO 113.08406 113.1594 0 3 ILE I C6H11NO 113.08406 113.1594 0 4 MET M C5H9NOS 131.04049 113.1926 0 5 VAL V C5H9NO 99.06841 99.1326 0 6 SER S C3H2NO2 87.03203 87.0782 1 7 PRO P C5H7NO 97.05276 97.1167 0 8 THR T C4H7NO2 101.04768 101.1051 1 9 ALA A C3H5NO 71.03711 71.0788 0 10 TYR Y C9H9NO2 163.06333 163.1760 0 9.8 11 * * - - - - 12 HIS H C6H7N3O 137.05891 137.1411 1 6.8 13 GLN Q C5H8N2O2 128.05858 128.1307 1 14 ASN N C4H6N2O2 114.04293 114.1038 1 15 LYS K C6H12N2O 128.09496 128.1741 1 10.1 16 ASP D C4H5NO3 115.02694 115.0886 1 4.5 17 GLU E C5H7NO3 129.04259 129.1155 1 4.5 18 CYS C C3H5NOS 103.00919 103.1388 0 8.6 19 TRP W C11H10N2O 186.07931 186.2132 0 20 ARG R C6H12N4O 156.10111 156.1875 1 12.0 21 GLY G C2H3NO 57.02146 57.0519 0 22 - - - - - Une molécule d'eau (18.01056 ou 18.0152) est soustraite à la somme calculée. Les masses monoisotopiques sont calculées avec : C=12.0000000 H=1.0078250 N=14.0030740 O=15.9949146 S=31.9720718 Les masses moyennes (abondance naturelle des isotopes) sont calculées avec : C=12.011 H=1.00794, N=140067, O=15.9994, S=32.06 Le point isoélectrique du COOH terminal est de 3.6. celui du NH2 terminal est de 12.0 La DO 260 et la DO 280 sont basées sur les coefficients d'absorption molaire des Phe, Tyr et Trp de Phe Tyr Trp 260 nm 147.0 582.0 3787.0 280 nm 0.7 1187.0 5559.0 EXEMPLE sqx> mwcalc Type de donnee: Entree au terminal(T) Fichier personnel(P) Extraction FASTA(F) NBRF(N) SwissProt(S) Autre(A) (Retour au menu = Return) S Mnemonique Return = Choix precedent sym_ecoli Premiere Position NO = Return = 1 Fin = -1 Derniere Position NO = Return = 676 NOM = SYM_ECOL PREMIER RESIDU = 1 DERNIER RESIDU = 676 NOMBRE % NOMB POIDS % POIDS 1 PHE F 37 5.47 5441.53 7.15 2 LEU L 57 8.43 6445.79 8.47 3 ILE I 36 5.33 4071.03 5.35 4 MET M 20 2.96 2620.81 3.45 5 VAL V 42 6.21 4160.87 5.47 6 SER S 41 6.07 3568.31 4.69 7 PRO P 32 4.73 3105.69 4.08 8 THR T 28 4.14 2829.34 3.72 9 ALA A 59 8.73 4191.19 5.51 10 TYR Y 24 3.55 3913.52 5.14 11 * * 0 0.00 0.00 0.00 12 HIS H 16 2.37 2192.94 2.88 13 GLN Q 28 4.14 3585.64 4.71 14 ASN N 29 4.29 3307.24 4.35 15 LYS K 40 5.92 5123.80 6.74 16 ASP D 45 6.66 5176.21 6.80 17 GLU E 44 6.51 5677.87 7.46 18 CYS C 8 1.18 824.07 1.08 19 TRP W 11 1.63 2046.87 2.69 20 ARG R 33 4.88 5151.34 6.77 21 GLY G 46 6.80 2622.99 3.45 22 - - 0 0.00 0.00 0.00 RESIDUS = 676 Masse moleculaire (monoisotopique) = 76075.2109 Masse moleculaire (moyenne) = 76123.5938 INDEX DE POLARITE (%) = 44.97 POINT ISOELECTRIQUE = 6.05 DO 260 (1mg/ml) = 0.803 DO 280 (1mg/ml) = 1.179 C = 3416 N = 915 O = 1005 H = 5136 S = 28