CE PROGRAMME PERMET D ALIGNER DE FACON ACCELEREE DEUX SEQUENCES EN NE TENTANT DES ALIGNEMENTS QUE DANS LES REGIONS OU UN NOMBRE DONNE (KTPL) DE BASES CONSECUTIVES SONT HOMOLOGUES. DE PLUS LA LONGUEUR DES INSERTIONS POSSIBLES EST LIMITEES A UNE VALEUR PARAMETRABLE (NW) LA LONGUEUR DES SEQUENCES EST LIMITEE A 3000 NUCLEOTIDES. . APRES AVOIR DONNE LE NOM DE VOS SEQUENCES VOUS EST POSEE LA QUESTION. CHANGE PARAMETERS? (O/N/H) SI VOUS REPONDEZ N VOUS CONSERVEZ LES VALEURS PAR DEFAUT PROPOSEES PAR LE PROGRAMME. SI VOUS REPONDEZ H LES VALEURS PAR DEFAUT SONT AFFICHEES AINSI QUE LEUR SIGNIFICATION. SI VOUS REPONDEZ Y VOUS POUVEZ CHANGER CERTAINS PARAMETRES QUI SONT LES SUIVANTS. . DMAT VALEUR NEGATIVE POUR UN MATCH. POUR L AUGMENTER SAISIR UNE VALEUR INFERIEURE (EX -2,-3) (VALEUR PAR DEFAUT -1) DREP VALEUR POSITIVE POUR UN MISMATCH. POUR L AUGMENTER SAISIR UNE VALEUR SUPERIEURE ET INVERSEMENT. (VALEUR PAR DEFAUT 2) DEL VALEUR POSITIVE POUR UNE INSERTION. CF PRECEDEMMENT. (VALEUR PAR DEFAUT 3) MAXD VALEUR MAXIMALE POUR LAQUELLE LES ALIGNEMENTS SONT EDITES. POUR L AUGMENTER SAISIR UNE VALEUR INFERIEURE (EX -25,-30) (VALEUR PAR DEFAUT -20) LES VALEURS PAR DEFAUT SUPPOSENT QUE L ON EDITERA DES ALIGNEMENTS DE LONGUEUR SUPERIEURE A 20 NUCLEOTIDES EN COMPTANT -1 POUR UN MATCH, 2 POUR UN MISMATCH, 3 POUR UNE DELETION. . REMARQUES IMPORTANTES. - ---------------------- LA LONGUEUR DE LA PREMIERE SEQUENCE EST LIMITEE A 3000 BP. LA LONGUEUR DE LA SECONDE SEQUENCE EST LIMITEE A 10000 BP. . CEPENDANT DANS LE CAS OU LES SEQUENCES SONT SUPERIEURES A CES LIMITES LE PROGRAMME ITERE AUTOMATIQUEMENT LE LONG DE CES SEQUENCES PAR PAS DE 3000 OU 10000. .