Liste de tous les programmes   Liste des programmes via le web   Liste des programmes en mode ligne   Liste des programmes via Babel (Les puces , et ,cliquables, conduisent au service associé). Nom Description Accès Web Unix Babel ACNUC Interrogation indépendante des banques (embl, genbank, swissprot, nbrf-pir, nrsub, hovergen). - - ALIGN Alignement entre 2 séquences. Appartient au package FASTA. ARTEMIS Editeur de séquences et outils d'annotation - - B2FX Parseur d'une sortie Blast BIOFACET Anciennement nommé LASSAP. Comparaisons de séquences et de génomes à grandes échelles. - - BIOMOTIF Détection de motifs (régions hautement conservées) dans un ensemble de protéines ou de séquences d'ADN - - BIONJ Reconstruction d'arbre selon NJ améliorée - - BL2SEQ Recherche des alignements locaux entre deux séquences nucléiques ou protéiques. (Package BLAST) - BLAST Package de programmes : comparaison de séquences Recherche des alignements locaux entre une séquence (nucléique ou protéique) et une banque ou ensemble de séquences personnelles (nucléique ou protéique). BLOCKSEARCH Recherches de similitudes entre une proteine et la banque de motifs Blocks (motifs courts, sans gaps, hautement conservés) - - CAP2 Contig Assembly Program Version 2 CAP3 Contig Assembly Program - - CARTERES Carte de restriction d'une séquence nucléique. - Chromosome cancer Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology (CNRS IGR et Faculté des Sciences Fondamentales et Appliquées - Université de Poitiers) - - CLUSTALW Alignement multiple CLUSTALX Clustal en mode Xwindow - - COILS Prediction d'une structure coiled-coil sur une proteine par comparaison avec une base de structures connues - - CONSED Editeur de contigs assemblés par phredPhrap (ace format) - - CONVSEQ Conversion de format de sequences de banques - CROSS_MATCH Identification et masquage des séquences de vecteurs - - DBCAT Catalogue de banques de données génétiques, protéiques, génomiques, cartographiques et bibliographiques. - - DECRYPTON Base de données résultant de la première comparaison exhaustive des protéines du monde vivant. - - DIALIGN2 Alignement multiple de séquences nucléiques ou protéiques EDTALN Edition des séquences d'un alignement multiple. Extraction des séquences (en partie ou en totalité), du consensus, des positions divergentes. Calcul d'une matrice de distances. - - EMBOSS (The European Molecular Biology Open Software Suite). Programmes multiples.EMBOSS résulte d' une collaboration entre développeurs européens de logiciels biologiques : bibliothèque de packages et d'outils logiciels publiques destinés à l'analyse de séquences. - FASTA Package de programmes : comparaison de séquences. Recherche des alignements locaux entre une séquence et une banque (ou ensemble de séquences personnelles). FASTDNAML Phylogénie selon la méthode ML - FEATGRP Représentation des features d'une séquence nucléique - - FORMATDB A partir d'un fichier de séquences au format FASTA, formatdb génêre une mini-banque au format BLAST qui pourra alors être traitée par les programmes blastall, blastpgp ou MegaBLAST. Issu du package BLAST. - - FORPUB Traduction d'une séquence nucléique pour publication. - FRAGFIT Identification de protéines par masse de fragments proteolytiques - - FREQBNK Statistiques sur un ensemble de sequences : nombre et % des bases (sur les 3 positions du codon) et des dinucléotides, pourcentages des codons. - FREQBNKp Statistiques sur un ensemble de séquences: pourcentage des acides aminés et des dipeptides. - FREQSQ Statistiques d'une séquence nucléique : fréquences (en nombre ou/et en pourcentage) des bases, dinucléotides, codons ou acides aminés potentiels d'une séquence nucléique. - GCG Software for pharmaceutical, chemical, and materials research. Programmes multiples. - - GENMARK Localisation de gènes dans une séquence d'ADN. Analyse du codage des acides nucléiques basée sur l'utilisation de matrices de fréquences de nucléotides à une position donnée en fonction du contexte précédent (chaînes de Markov d'ordre de 1 à 5) - - GENMARK-HMM-euc localisation de gènes dans une séquence d'ADN d'eucaryote (methodes hmm) - - GENMARK-HMM-proc Localisation de gènes dans une séquence d'ADN de procaryote (méthode hmm). - - GENSCAN localisation de gènes dans une séquence d'ADN d'eucaryote (methodes hmm) - - GIBBS Recherche stochastique du meilleur alignement de sites/motifs sur le critère du maximum de vraisemblance dans un ensemble de séquences - - GIBBS_PURGE Retrait de redondance - - GIBBS_SCAN Recherche des motifs détectés par gibbs sur une banque. - - GOLDENPATH Genome Project Working Draft (Site miroir de l'UCSC) Séquences nucléiques et protéiques de référence (chromosomes accompagnés de leurs annotations) du génome humain et de plusieurs génomes d'organismes modèles en cours d'achèvement. - - HMMALIGN Aligne un ensemble de séquences sur un profil HMM. HMMBUILD Construit un profil HMM à partir d'un alignement multiple. Issu du package HMMER. HMMCALIBRATE Calibre un profil HMM. Issu du package HMMER. HMMCONVERT Convertit le format d'un profil HMM en un autre format HMM ou concatène 2 profils. Issu du package HMMER. HMMEMIT Extrait les séquences ou le consensus d'un profil HMM. Issu du package HMMER. HMMER Package de programmes. Recherche d'homologies avec un profile HMM (Hidden Markov Models) obtenu à partir d'un alignement multiple de protéines. HMMFETCH Extrait un profil HMM à partir d'une base HMM telle que PFAM. Issu du package HMMER. HMMINDEX Indexe une base HMM telle que PFAM. Issu du package HMMER. HMMPFAM Compare chacune des séquences d'un ensemble de séquences à un ou plusieurs profils HMM. Issu du package HMMER. HMMSEARCH Recherche les homologies entre un profil HMM, généré à partir d'un alignement multiple protéique, et une séquence ou un ensemble de séquences personnelles ou banque de séquences protéiques. HTML4BLAST Comparaison de séquences (blast) html viewer - - INTERPROSCAN Scan sequences for signatures against InterPro database - INVCOMP Inversion-complémentation d'une séquence nucléique personnelle ou de banque (complète ou partielle). - LALNVIEW Visualisation d'alignements locaux - - LASSAP (LArge Scale Sequence compArison Package). Lassap est un logiciel de comparaison de séquences nucléiques et protéiques à grande échelle développé depuis 1994 au sein de l'action Génome de l'INRIA. Permet, grâce à un langage de requêtes, de lancer des comparaisons de banque (ou sous-banque) contre banque. - - LFASTA-LALIGN-n Recherche des alignements locaux entre les deux séquences nucléiques, personnelles ou de banque. Les programmes LFASTA et LALIGN font partie du package FASTA. LALIGN retourne les alignements locaux optimaux: ce programme est plus rigoureux, mais aussi plus lent que LFASTA LFASTA-LALIGN-p Recherche des alignements locaux entre deux séquences protéiques, personnelles ou de banque. Les programmes LFASTA et LALIGN font partie du package FASTA. LALIGN retourne les alignements locaux optimaux : ce programme est plus rigoureux, mais aussi plus lent que LFASTA. MAFFT Multiple sequence alignment based on fast Fourier transform - MEGABLAST (Package blast) : comparaison de séquences MEME/MAST Détection, dans un groupe de séquences nucléiques ou protéiques données, des motifs présents dans l'ensemble de ces séquences - - MOLPHY Package de phylogénie - - MRTRANS produce align cDNA sequences from aligned protein sequences - - MULTALIN Alignement multiple de n séquences - - MWCALC Calcul de la composition en nombre et en masse en acides aminés, de la masse moléculaire totale, de l'indice de polarité (pourcentage d'acides aminés hydrophiles), du point isoélectrique théorique, de la densité optique à 260 et 280 nm et de la composition atomique d'une séquence protéique donnée. - NJPLOT Tracé d'arbres phylogénétiques - - PACKAGE DE HUANG PACKAGE DE HUANG: sim : similarite locale entre 2 sequences; gap : alignement optimal global entre 2 sequences; lcp : identification des regions d une sequence satisfaisant aux contraintes definies; map : calcul d un alignement multiple; cap : assemblage de fragments; - PATTERN Recherche d'un pattern (nucléique ou protéique) composé de un ou plusieurs motifs séparés par des intervalles dans une séquence, ensemble de séquences ou dans une banque. - PHD2QUALFASTA Appartient au package CONSED. Il lit l'ensemble des fichiers en format PHD présents dans le répertoire courant, en extrait les séquences qu'il réécrit dans un seul fichier de sortie en format FASTA - - PHI-BLAST A partir d'une séquence protéique donnée et d'un pattern spécifique (expression régulière) contenu dans cette séquence, PHI-BLAST recherche dans une banque protéique les séquences homologues en utilisant le pattern comme ancrage pour l'alignement. PHRAP (phragment assembly program). Assemblage de séquences lues par Phred - - PHRED Lecteur de fichiers trace provenant d'un séquenceur automatique (calcule le contenu en bases et assigne un indice de qualité pour chaque base reconnue) - - PHREDPHRAP Script perl inclu dans le package consed: enchaînement des programmes Phred, Phd2seqfasta,Phd2qualfasta et Cross_match - - PHYLIP Package de phylogénie PHYLO_WIN A Graphic Tool for Phylogenetic Inference - - PIMA Alignement multiple sur similarite de motifs - - PLSEARCH Recherches de similitudes entre une ou plusieurs protéines et une banque de motifs conservés issus de Swiss_Prot - - PRATT Recherche des patterns protéiques conservés dans un ensemble de séquences données non alignées PRDF-PRSS Evaluation de la signification biologique d'une homologie entre deux séquences nucléiques ou protéiques (package FASTA) PREDATOR Prédiction de structure secondaire de protéines - - PRFX Evaluation de la signification biologique d'une homologie entre une séquence nucléique traduite et une protéine (package FASTA) - PRIMER Selection d'amorces pour PCR - - PRIMER3 Sélection d'amorces pour PCR - - PROTEOL PROTEOL coupe une protéine donnée avec les enzymes de digestion protéolytique commercialisées. - PSI-BLAST Comparaison de séquences PSORT Prediction de la localisation sous-cellulaire d'une protéine à partir de sa séquence - - PSORT II Prédiction de la localisation sous-cellulaire d'une protéine à partir de sa séquence. - - READSEQ Conversion de format d'une ou plusieurs séquences personnelles. REPEATMASKER Comparaison de séquences - - REVERSE Protéine en code reverse - RPSBLAST (Reversed Position Specific Blast - Reverse PSI-BLAST) : recherche des alignements locaux (homologies avec insertions) entre une séquence protéique et une banque de domaines conservés. - SAM Sequence Alignment and Modeling System - - SAPS Analyse statistique de séquences protéiques: composition en acides aminés, distribution des charges, structures répétitives, multiplets, périodicité. SEG Filtrage de séquences - - SEQWEB Interface Web du package GCG. SEQLAB est la version graphique (X Windows) de GCG. - - SIGNPT Recherche, dans une séquence protéique, des motifs de la banque PROSITE ou d'un pattern ou ensemble de patterns personnels donnés respectant la syntaxe de PROSITE. - SIM4 Align an expressed DNA sequence with a genomic sequence, allowing for introns - SQX Programmes multiples. - - SRS Interrogation multibases. - SSEARCH-n Alignement entre 2 séquences nucléiques selon l'algorithme de Smith-Waterman. Appartient au package FASTA SSEARCH-p Alignement entre 2 séquences protéiques selon l'algorithme de Smith-Waterman. Appartient au package FASTA STADEN Methods for processing the data for large scale sequencing projects. - - SWAT A program for searching one or more DNA or protein query sequences, or a query profile, against a sequence database, using (an efficient implementation of) the Smith-Waterman or Needleman-Wunsch algorithms, with linear (affine) gap penalties - - TERAPROT Premiers résultats de la comparaison exhaustive de 70 génomes. Comparaisons de génomes et de protéomes. - - TRADUC Traduction simple, successive sur 3 ou 6 phases, superposées sur 6 phases, avec détection des codons rares ou analyse de phases ouvertes potentielles d'une séquence nucléique personnelle ou de banque, Ou traduction simple d'un ensemble de séquences personnelles. - TREEALIGN A multiple sequence alignment program that builds trees as it aligns DNA or protein sequences. - - TREETOOL Tracé d'arbre - - TRNASCAN-SE Recherche de tRNA dans une sequence génomique - - USEBLAST Traitement, extraction des séquences d'une sortie blast - XBLAST Filtrage de séquences - - XNU Filtrage de séquences - - YASS Alignements locaux entre deux séquences génomiques. -

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