| Séquencage |
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Nom |
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Description |
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Accès |
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Unix |
Babel |
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PACKAGE DE HUANG
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PACKAGE DE HUANG:
sim : similarite locale entre 2 sequences;
gap : alignement optimal global entre 2 sequences;
lcp : identification des regions d une sequence satisfaisant aux contraintes definies;
map : calcul d un alignement multiple;
cap : assemblage de fragments; |
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CAP2
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Contig Assembly Program Version 2 |
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CAP3
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Contig Assembly Program |
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PHRED
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Lecteur de fichiers trace provenant d'un séquenceur automatique (calcule le contenu en bases et assigne un indice de qualité pour chaque base reconnue) |
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PHD2QUALFASTA
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Appartient au package CONSED. Il lit l'ensemble des fichiers en format PHD présents dans le répertoire courant, en extrait les séquences qu'il réécrit dans un seul fichier de sortie en format FASTA |
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CROSS_MATCH
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Identification et masquage des séquences de vecteurs |
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PHRAP
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(phragment assembly program). Assemblage de séquences lues par Phred |
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PHREDPHRAP
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Script perl inclu dans le package consed: enchaînement des programmes Phred, Phd2seqfasta,Phd2qualfasta et Cross_match |
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CONSED
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Editeur de contigs assemblés par phredPhrap (ace format) |
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