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Analyse et traitement via BABEL
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 Liste de tous les programmes disponibles via Babel
BABEL ( Accès
- Tutoriel
) est un environnement web intégré spécifique développé à Infobiogen qui propose un accès en mode anonyme ou authentifié aux programmes de bioinformatique du domaine public.
BABEL est un environnement qui permet la publication sur le WEB d'applications informatiques normalement exploitées en mode ligne de commandes. En réduisant le temps de réalisalion des interfaces WEB grace à un générateur automatique de formulaires à vues multiples et en offrant un espace de travail persistant grace à une procédure de création de comptes simplifiés, BABEL réduit le gap technologique qui sépare l'utilisateur expérimenté des environnements UNIX de l'utilisateur occasionnel souvent limité par les interfaces WEB existantes.
L'intérêt de BABEL réside en partie sur le fait qu'il fournit un espace de travail personnel dans lequel l'utilisateur peut exploiter, gérer et traiter ses données propres et ce, sans devoir procéder à un incessant télédéchargement de fichiers entre différentes machines pour enchaîner successivement plusieurs programmes. Il peut également y gérer jobs et processus en cours.
Le serveur BABEL est basé sur un générateur automatique de formulaires web construits à partir de programmes répondant à une syntaxe unix type (ligne de commande composée du nom du programme, d'une liste de paramètres et des entrée et sortie standards). Il offre actuellement un accès aux programmes EMBOSS ainsi qu'à un panel étendu de programmes classiques de bioinformatique (tel que Blast, Fasta, Dialign2, Clustalw, etc).
Ces formulaires sont accessibles selon deux modes possibles :
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Mode anonyme
La session de travail est dans ce cas automatiquement clôturée lorqu'elle dépasse une durée donnée, actuellement fixée à 8 heures, ou lorqu'elle est interrompue d'une pause d'inactivité dépassant un délai de 2 heures. L'espace de travail est limité à 200 Mb.
Une fois la session clôturée, tous les fichiers de l'espace temporaire associé sont détruits.
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Mode authentifié
Dans ce cas, l'utilisateur doit préalablement s'enregistrer : il doit procéder à l'ouverture d'un compte en indiquant un login (son e-mail) et un mot de passe de son choix.
A noter : ce compte est INDEPENDANT du compte authentifié
dont l'utilisateur peut par ailleurs disposer sur la machine babbage d'Infobiogen.
La session authentifiée est persistante. Elle est toutefois clôturée (et les fichiers attenants détruits) après une durée d'inactivité fixée actuellement à deux semaines. L'espace de travail est limité à 300 Mb.
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ATTENTION: Cette version de Babel est une version d'évaluation. Les modalités d'utilisation peuvent être modifiées sans préavis. En particulier les conditions d'attribution de comptes pourront changer dans le futur.
Lire aussi attentivement les conditions d'utilisation
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BABEL associe ainsi les avantages de l'ergonomie du web àux possibilités de stockage et gestion qu'offre l'espace personnel dans lequel l'utilisateur travaille.
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| Accès |
Web |
| Environnement |
Mode plein écran |
Point d'entrée
des services |
Accueil BABEL
(Cf le tutoriel BABEL
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| Packages disponibles sous Babel |
EMBOSS
- BLAST
- FASTA
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| Avantages |
Facilité d'accès
Convivialité - Ergonomie
Interface homogène
Sorties hypertextes
Stockage et gestion des données, résultats, jobs dans un espace personnel authentifié
Traitements intensifs autorisés (temps de calcul élevé, fichiers volumineux)
Enchaînement des analyses permettant une étude plus complexe et plus approfondie
Sorties graphiques élaborées
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| Inconvénients |
?
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Perspectives d'évolution de BABEL
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Projet ShellWeb
Il consiste à autoriser l'utilisation, l'exploitation et la gestion des fichiers stockés sur un compte authentifié
de la machine Infobiogen (avec la permanence des données et l'espace disque que celui-ci suppose) dans l'environnement de Babel. Par ailleurs, l'utilisateur aura, dans ce cadre, la possibilité de générer lui-même ses propres formulaires d'exécution.
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Projet BabelWeb
Il vise à développer une nouvelle interface visuelle d'exécution permettant des enchaînements complexes de programmes ainsi que des outils graphiques conviviaux permettant de gérer fichiers, jobs et processus.
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