Introduction à la bioinformatique : Index

I. PRESENTATION 1. Définition 2. Contexte a. Révolution conceptuelle en biologie b. Révolution technologique liée au génie génétique c. Révolution technologique liée à l'Informatique d. L'Internet : le Réseau des réseaux 3. Domaines d'application 4. Lectures de références

II. BANQUES DE DONNÉES BIOLOGIQUES 1. Banques de séquences 2. Mode opératoire 3. Interrogation et intégration

III. SÉQUENÇAGE ET CARTOGRAPHIE 1. Création d'une banque de clones 2. Cartographie physique 3. Technique du séquençage 4. Cartographie génétique a. Cartes génétiques b. Cartes d'hybrides d'irradiation c. Identification d'un gène par Clonage positionnel 5. Séquençage d'ADNc et cartographie transcriptionnelle 6. Un exemple de cartographie

IV. ANALYSE BIOINFORMATIQUE DES SÉQUENCES 1. Introduction a. Qu'est-ce que la structure du génome ? d'un gène ? b. Qu'est-ce que la fonction biologique d'un gène ? 2. Prédiction de structure d'un gène - ORFs 3. Prédiction de structures 2D et 3D d'une protéine 4. Recherche de similarités a. Comparaison avec les banques b. Alignement multiple c. Recherche de motifs 5. Phylogénie a. Evolution des séquences par mutations b. Les méthodes phénétiques (fondées sur les distances) c. Les méthodes cladistiques (fondées sur les séquences) d. Le bootstrap (et autres méthodes d'évaluation)

V. ANALYSE BIOINFORMATIQUE DES GÉNOMES 1. Les organismes modèles 2. Génomique : analyse structurale du génome et du protéome a. Génomique comparative - Phylogénie et organisation comparée des génomes - Analyse du polymorphisme par SNP b. Génomique structurale 3. Génomique fonctionnelle : analyse du transcriptome et du protéome a. Expression génique - Méthode SAGE - Puces à ADN b. Protéomique 4. Physiomique : analyse du métabolome et du physiome