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Phylogénie

INTRODUCTION
L'évolution selon Lamark | L'évolution selon Darwin
Les concepts modernes | Evolution convergente vs évolution divergente
LA PHYLOGENIE MOLECULAIRE
L'HORLOGE MOLÉCULAIRE
Définition | Arguments contre l'horloge moléculaire | Conclusion
MÉTHODES DE RECONSTRUCTION
Fondées sur les distances
UPGMA | NJ | Méthodes dérivées | Corrections
Fondées sur les caractères
Parcimonie | Maximum de vraissemblance
Le boostrap
Enraciner un arbre
RÉCAPITULATIF
CONCLUSION
INTRODUCTION

Depuis Darwin, il est communément admis que les êtres vivants descendent tous les uns des autres. Jusqu'aux années 1960, les comparaisons entre des morphologies, des comportements et des répartions géographiques des espèces étaient les seuls moyens disponibles pour contruire des classifications d'espèces. La découverte que des protéines homologues (ou acides nucléiques) avaient des séquences en acides aminés (ou en bases) qui variaient d'une espèce à l'autre a fourni un nouveau moyen d'étude : la phylogénie.

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L'évolution selon LAMARK (1744-1829)
Pour Lamark, l'évolution était due à une adaptation continue au milieu ambiant : un environnement changeant altère les besoins de l'organisme vivant qui s'adapte en modifiant son comportement et en utilisant certains organes plus que d'autres.

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Figure 1 : l'évolution selon Lamark
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L'évolution selon Darwin (1809-1882)
La théorie défendue par Darwin est l'évolution par sélection naturelle. Au sein d'une même lignée, tous les individus sont différents et la nature favorise la multiplication de ceux qui jouissent d'un quelconque avantage.

Image2


Figure 2 : l'évolution selon Darwin
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Les concepts modernes : la théorie neutraliste vs la théorie sélectionniste
Quand les lois de la génétique ont été connues, il est né un paradoxe entre la sélection (disparition de certains caratères) et le polymorphisme génétique (variabilité). Il faut cependant rappeler que ce sont les phenotypes qui se heurtent à la pression de sélection et non les génotypes (avec le jeu des dominances et récessivités, à un phenotype correspond plusieurs génotypes).
Pour l'expliquer, 2 théories s'opposent : la théorie neutraliste et la théorie sélectionniste.
La théorie neutraliste
La plupart des mutations restent neutres, se fixent au hasard (seules les mutations très défavorisantes ou létales pour l'individu sont éliminées) et le milieu n'a pas de rôle sélectif.
La théorie sélectionniste
la plupart des nouveaux allèles apparus par mutations se fixent dans les populations parce qu'ils  sont avantageux pour les porteurs dans le milieu où ils vivent (sélection darwinienne).
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Evolution convergente et évolution divergente
L'évolution convergentecorrespond à des solutions trouvées de manière indépendante chez des organismes différents pour résoudre le même problème.
L'évolution divergentecorrespond au contraire à des protèines ayant le même ancêtre commun mais qui se sont spécialisées dans des fonctions différentes.

 
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