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Analyse et traitement en mode ligne
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 Liste de tous les programmes disponibles en accès authentifié
L'analyse des données personnelles ou de banques en mode ligne de commande nécessite la détention d'un compte personnel
et d'un mot de passe
associé sur les machines Unix du serveur Infobiogen.
L'utilisateur dispose ainsi d'un espace de travail
qui lui est propre, dans lequel il peut stocker et gérer à sa guise données et résultats. C'est l'avantage majeur qu'offre l'accès authentifié sur le mode anonyme. En outre, les traitements intensifs (temps de calcul élevé, fichiers volumineux) sont autorisés et l'enchaînement facilité des analyses permet une étude plus complexe et plus approfondie.
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| Accès |
ssh
sur un compte authentifié
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| Environnement |
Unix
: Commandes en mode séquentiel |
Point d'entrée
des services |
 Accès direct à la commande (mode ligne).
Menu Infobiogen : $ menu
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| Packages disponibles |
GCG
| EMBOSS
| STADEN
| SQX
| LASSAP
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Interrogation
des banques de données |
ACNUC
Lookup (GCG)
commande getz
de SRS |
| Avantages |
Traitements intensifs autorisés (temps de calcul élevé, fichiers volumineux)
Enchaînement des analyses permettant une étude plus complexe et plus approfondie
Grand éventail de programmes proposés dont des logiciels sous licence (GCG ...)
Sorties graphiques élaborées
Persistance des données (fichiers de séquences et d'analyse)
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| Inconvénients |
Convivialité et ergonomie moins grandes
Hétérogénéité des requêtes : les différents traitements (programmes, packages) peuvent requérir des interrogations spécifiques, avec une philosophie propre.
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Une fois la connexion établie sur la machine babbage d'Infobiogen
via ssh, un prompt babbage$ est retourné à l'écran en attente d'une commande.
Infobiogen met à la disposition de ses utilisateurs un panel de programmes accessibles par un ou plusieurs des moyens mentionnés ci-dessous.
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Le mode ligne
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D'une manière générale, pour lancer l'exécution d'un de ces programmes, il suffit de saisir, au prompt de la machine et en minuscules, une ligne de commande dont la syntaxe est celle d'une commande unix composée du nom du programme suivi des paramètres et options associés, du type :
babbage$ programme -options > fichier_de_sortie
C'est le moyen le plus rapide d'exécuter un programme, mais le moins convivial car il suppose que l'utilisateur connaisse les commandes et ses options et arguments. Une aide en ligne est parfois proposée, sous la forme :
babbage$ programme -help
ou encore :
babbage$ man programme
Deux commandes unix batch
et at
rendent possible le lancement de l'exécution en mode "batch", ce qui permet de conserver la main durant celle-ci sans l'interrompre.
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Le menu Infobiogen
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Le menu
Infobiogen donne accès à l'ensemble des programmes et packages du serveur grâce à un aiguillage thématique par sous-menus successifs. Il constitue le point de départ de l'ensemble des services.
Pour entrer dans le menu, tapez la commande :
babbage$ menu
Aide en ligne :
babbage$ h
ou
babbage$ ?
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