Recherche de motifs et signaux |
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Nom |
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Description |
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Accès |
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Unix |
Babel |
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BIOMOTIF
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Détection de motifs (régions hautement conservées) dans un ensemble de protéines ou de séquences d'ADN |
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MEME/MAST
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Détection, dans un groupe de séquences nucléiques ou protéiques données, des motifs présents dans l'ensemble de ces séquences |
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PLSEARCH
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Recherches de similitudes entre une ou plusieurs protéines et une banque de motifs conservés issus de Swiss_Prot |
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BLOCKSEARCH
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Recherches de similitudes entre une proteine et la banque de motifs Blocks (motifs courts, sans gaps, hautement conservés) |
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GIBBS
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Recherche stochastique du meilleur alignement de sites/motifs sur le critère du maximum de vraisemblance dans un ensemble de séquences |
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GIBBS_PURGE
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Retrait de redondance |
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GIBBS_SCAN
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Recherche des motifs détectés par gibbs sur une banque. |
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PRATT
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Recherche des patterns protéiques conservés dans un ensemble de séquences données non alignées
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TRNASCAN-SE
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Recherche de tRNA dans une sequence génomique |
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FRAGFIT
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Identification de protéines par masse de fragments proteolytiques |
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HMMER
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Package de programmes. Recherche d'homologies avec un profile HMM (Hidden Markov Models) obtenu à partir d'un alignement multiple de protéines. |
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HMMSEARCH
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Recherche les homologies entre un profil HMM, généré à partir d'un alignement multiple protéique, et une séquence ou un ensemble de séquences personnelles ou banque de séquences protéiques. |
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HMMBUILD
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Construit un profil HMM à partir d'un alignement multiple. Issu du package HMMER. |
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HMMCALIBRATE
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Calibre un profil HMM. Issu du package HMMER. |
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HMMCONVERT
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Convertit le format d'un profil HMM en un autre format HMM ou concatène 2 profils. Issu du package HMMER. |
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HMMEMIT
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Extrait les séquences ou le consensus d'un profil HMM. Issu du package HMMER. |
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HMMFETCH
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Extrait un profil HMM à partir d'une base HMM telle que PFAM. Issu du package HMMER. |
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HMMINDEX
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Indexe une base HMM telle que PFAM. Issu du package HMMER. |
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HMMALIGN
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Aligne un ensemble de séquences sur un profil HMM. |
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HMMPFAM
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Compare chacune des séquences d'un ensemble de séquences à un ou plusieurs profils HMM. Issu du package HMMER. |
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PATTERN
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Recherche d'un pattern (nucléique ou protéique) composé de un ou plusieurs motifs séparés par des intervalles dans une séquence, ensemble de séquences ou dans une banque. |
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SIGNPT
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Recherche, dans une séquence protéique, des motifs de la banque PROSITE ou d'un pattern ou ensemble de patterns personnels donnés respectant la syntaxe de PROSITE. |
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INTERPROSCAN
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Scan sequences for signatures against InterPro database |
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