Recherche de motifs et signaux Nom Description Accès Web Unix Babel BIOMOTIF Détection de motifs (régions hautement conservées) dans un ensemble de protéines ou de séquences d'ADN - - MEME/MAST Détection, dans un groupe de séquences nucléiques ou protéiques données, des motifs présents dans l'ensemble de ces séquences - - PLSEARCH Recherches de similitudes entre une ou plusieurs protéines et une banque de motifs conservés issus de Swiss_Prot - - BLOCKSEARCH Recherches de similitudes entre une proteine et la banque de motifs Blocks (motifs courts, sans gaps, hautement conservés) - - GIBBS Recherche stochastique du meilleur alignement de sites/motifs sur le critère du maximum de vraisemblance dans un ensemble de séquences - - GIBBS_PURGE Retrait de redondance - - GIBBS_SCAN Recherche des motifs détectés par gibbs sur une banque. - - PRATT Recherche des patterns protéiques conservés dans un ensemble de séquences données non alignées TRNASCAN-SE Recherche de tRNA dans une sequence génomique - - FRAGFIT Identification de protéines par masse de fragments proteolytiques - - HMMER Package de programmes. Recherche d'homologies avec un profile HMM (Hidden Markov Models) obtenu à partir d'un alignement multiple de protéines. HMMSEARCH Recherche les homologies entre un profil HMM, généré à partir d'un alignement multiple protéique, et une séquence ou un ensemble de séquences personnelles ou banque de séquences protéiques. HMMBUILD Construit un profil HMM à partir d'un alignement multiple. Issu du package HMMER. HMMCALIBRATE Calibre un profil HMM. Issu du package HMMER. HMMCONVERT Convertit le format d'un profil HMM en un autre format HMM ou concatène 2 profils. Issu du package HMMER. HMMEMIT Extrait les séquences ou le consensus d'un profil HMM. Issu du package HMMER. HMMFETCH Extrait un profil HMM à partir d'une base HMM telle que PFAM. Issu du package HMMER. HMMINDEX Indexe une base HMM telle que PFAM. Issu du package HMMER. HMMALIGN Aligne un ensemble de séquences sur un profil HMM. HMMPFAM Compare chacune des séquences d'un ensemble de séquences à un ou plusieurs profils HMM. Issu du package HMMER. PATTERN Recherche d'un pattern (nucléique ou protéique) composé de un ou plusieurs motifs séparés par des intervalles dans une séquence, ensemble de séquences ou dans une banque. - SIGNPT Recherche, dans une séquence protéique, des motifs de la banque PROSITE ou d'un pattern ou ensemble de patterns personnels donnés respectant la syntaxe de PROSITE. - INTERPROSCAN Scan sequences for signatures against InterPro database -

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