Comparaison de séquences Nom Description Accès Web Unix Babel BLAST Package de programmes : comparaison de séquences Recherche des alignements locaux entre une séquence (nucléique ou protéique) et une banque ou ensemble de séquences personnelles (nucléique ou protéique). MEGABLAST (Package blast) : comparaison de séquences PSI-BLAST Comparaison de séquences PHI-BLAST A partir d'une séquence protéique donnée et d'un pattern spécifique (expression régulière) contenu dans cette séquence, PHI-BLAST recherche dans une banque protéique les séquences homologues en utilisant le pattern comme ancrage pour l'alignement. HTML4BLAST Comparaison de séquences (blast) html viewer - - FASTA Package de programmes : comparaison de séquences. Recherche des alignements locaux entre une séquence et une banque (ou ensemble de séquences personnelles). LFASTA-LALIGN-n Recherche des alignements locaux entre les deux séquences nucléiques, personnelles ou de banque. Les programmes LFASTA et LALIGN font partie du package FASTA. LALIGN retourne les alignements locaux optimaux: ce programme est plus rigoureux, mais aussi plus lent que LFASTA LFASTA-LALIGN-p Recherche des alignements locaux entre deux séquences protéiques, personnelles ou de banque. Les programmes LFASTA et LALIGN font partie du package FASTA. LALIGN retourne les alignements locaux optimaux : ce programme est plus rigoureux, mais aussi plus lent que LFASTA. SIM4 Align an expressed DNA sequence with a genomic sequence, allowing for introns - REPEATMASKER Comparaison de séquences - - SWAT A program for searching one or more DNA or protein query sequences, or a query profile, against a sequence database, using (an efficient implementation of) the Smith-Waterman or Needleman-Wunsch algorithms, with linear (affine) gap penalties - - SSEARCH-n Alignement entre 2 séquences nucléiques selon l'algorithme de Smith-Waterman. Appartient au package FASTA SSEARCH-p Alignement entre 2 séquences protéiques selon l'algorithme de Smith-Waterman. Appartient au package FASTA RPSBLAST (Reversed Position Specific Blast - Reverse PSI-BLAST) : recherche des alignements locaux (homologies avec insertions) entre une séquence protéique et une banque de domaines conservés. - PRDF-PRSS Evaluation de la signification biologique d'une homologie entre deux séquences nucléiques ou protéiques (package FASTA) PRFX Evaluation de la signification biologique d'une homologie entre une séquence nucléique traduite et une protéine (package FASTA) - BL2SEQ Recherche des alignements locaux entre deux séquences nucléiques ou protéiques. (Package BLAST) - YASS Alignements locaux entre deux séquences génomiques. -

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