Liste de toutes les banques de données Nom Description Accès SRS FTP BIOCAT Software directory of general interest in molecular biology and genetics. biocat BLOCKS Alignements multiples de segments sans insertions correspondant aux régions les mieux conservées de Prosite. Base automatiquement générée par la recherche des régions les plus conservées dans les groupes de protéines de PROSITE. blocks FTP CPGISLAND All predicted human CpG islands in the current release of the EMBL database. Only the sequences contained in the files which correspond to the human division where analysed. The analysis was done using 'newcpgreport' from the EMBOSS package. cpgisland FTP DBCAT Catalog of Databases. dbcat FTP DBEST Database of Expressed Sequence Tags (division de GenBank). dbestall dbest dbestnew FTP DBGSS A public database of "Genome Survey Sequence" (division de GenBank). The GSS division of GenBank is similar to the EST division, with the exception that most of the sequences are genomic in origin, rather than cDNA (mRNA). dbgssall dbgss dbgssnew FTP DBSNP Banque de variants polymorphiques, qu'il s'agisse de substitutions de bases nucléotidiques simples ou de courtes délétions ou insertions. dbsnp_snp dbsnp_popuse dbsnp_population dbsnp_contact dbsnp_publication dbsnp_method FTP DBSTS Sequence Tagged Sites (division de GenBank) dbstsall dbsts dbstsnew FTP DECRYPTON Base de données résultant de la première comparaison exhaustive des protéines du monde vivant. FTP DOMO DOMO est une base de familles de domaines protéiques (alignements multiples) issus des bases (non redondantes) de Swissprot et NBRF-PIR. Même approche que PRODOM. domo domofasta DSSP Discrimination of protein Secondary structure Class. Reconnaissance des éléments de structure secondaire d'une protéine à partir de ses coordonnées atomiques au format de la PDB dssp FTP EMBL Principale banque nucléique, avec Genbank. embl emblrelease emblnew emblcontigs emblalign embltpa FTP EMGLIB (Enhanced Microbial Genomes Library) emglib emgpep ENSEMBL Annotation automatique des génomes eucaryotes. ensemblcdna ensemblpep ensemblhuman ensemblmouse ensemblfly ensemblzebrafish FTP ENZYME (Enzyme Database) enzyme FTP EPD (Eukaryotic Promoter Database) epd FTP FLYBASE A Database of the Drosophila Genome. flyseqs flygenes flyseqs flyaberrations flyrefs FTP FSSP Families of structurally similar proteins. fssp GBCONTIG Contig (division de GenBank) gbcontig FTP GENBANK Principale banque nucléique, avec l'Embl. genbank genbanknew genbankrelease genbankcontigs genbankwgs FTP GENEMAP Gene Map Consortium Data. genemap FTP GENETICCODE The Genetic Codes. geneticcode GENPEPT Séquences codantes (CDS) de GenBank. genpept genpeptrelease genpeptnew FTP GOLDENPATH Genome Project Working Draft (Site miroir de l'UCSC) Séquences nucléiques et protéiques de référence (chromosomes accompagnés de leurs annotations) du génome humain et de plusieurs génomes d'organismes modèles en cours d'achèvement. FTP HGVBASE (Human Genome Variation Database) (previously known as HGBASE : Human Genic Bi-Allelic SEquences) hgbase hgbase_haplotype hgbase_submitter HIV (Human Immunodeficiency Virus Database) aidsn FTP HOBACGEN (Homologous Bacterial Genes Database). hobacgen hobacpro hobacgencg hobacprocg hobacfam hobaccgfam HOVERGEN Homologous Vertebrate Genes Data Base. hovergen hoverfam HSSP Homology-derived structures of proteins. hssp FTP IMGT IMGT (ImMunoGeneTics database) is a high-quality integrated information system specializing in immunoglobulins (IG), T cell receptors (TR), major histocompatibility complex (MHC) and related proteins of the immune system of human and other vertebrate species. imgt imgthla FTP INTERPRO (Integrated Resource of Protein Domains and Functional Sites) Base de données construite à partir de PRINTS, PROSITE et Pfam. Intègre également une partie des données de ProDom. interpro FTP IPI International Protein Index est une banque protéomique humaine et de souris construite sur des données de Ensembl, SWISS-PROT/TrEMBL et RefSeq. ipi FTP KABATN Séquences d'immunoglobulines. kabatn kabatp kabatn+kabatp FTP KABATP Séquences d'immunoglobulines. kabatp kabatn kabatn+kabatp FTP KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Voies et composés métaboliques, enzymes, cartes génomiques, gènes. pathway lcompound lenzyme lreaction FTP LOCUSLINK Collections de liens (locus, cartographie, medline, omim, entrez, genbank, unigene, polymorphisme) associés à chacun des gènes étudiés. locuslink FTP MTINVRT Sous-ensemble de MitBase : séquences mitochondriales relatives à des Invertébrés (GoldenPath). (A Comprehensive and Integrated Mitochondrial DNA Database). Intégration de toutes les informations disponibles sur les gènes mitochondriaux des différents organismes (hommes, animaux, plantes et microorganismes). Résultat de la collaboration de plusieurs équipes européennes. mtinvrt FTP NRL3D La banque NRL_3D est produite par PIR : elle correspond aux séquences et annotations associées extraites de la banque PDB. nrl3d FTP OMIM (Online Mendelian Inheritance In Man). Informations sur les maladies génétiques humaines. omim FTP PDB (Protein Data Bank). PDB : Coordonnées 3D des protéines dont la structure a été déterminée. pdb pdbfinder pdbmodel pdbseq FTP PFAM (Protein FAMily database). Collection de familles alignées de protéines, générées automatiquement ou semi-automatiquement par la méthode "Hidden Markov Models" (HMMs). pfama pfamb swisspfam pfamhmm pfamseed FTP PIR Protein Information Resource. Principale banque protéique, avec Swissprot. pir FTP PRINTS Protein Motif Fingerprint Database. Banque d' empreintes (groupe conservé de motifs) utilisé pour caractériser une famille de protéine. prints FTP PRODOM (PROtein DOMain Database).Base de sites et patterns biologiquement significatifs. PRODOM est une compilation automatisée des domaines homologues (alignements multiples et consensus) détectés dans SwissProt. ProDom CG : Complete Genomes Protein Domain Database. prodom prodomcg FTP PROSITE (Database of protein families and domains). prosite prositedoc FTP REBASE (Restriction Enzyme Database). rebase rebcomm FTP REFSEQ Ensemble de séquences de référence pour l'annotation fonctionnelle du génome humain. refseq refseqnew refseqrelease FTP REFSEQP Ensemble de séquences de référence pour l'annotation fonctionnelle du génome humain. refseqp refseqpnew refseqprelease FTP REPBASE Collections de séquences répétées. repbase FTP RFAM (RNA families database of alignments and CMs) Rfam is a large collection of multiple sequence alignments and covariance models covering many common non-coding RNA families. rfam FTP RHDB (Radiation Hybrid Database) rhdb rhexp rhpanel rhmap rhsts SBASE Collection de domaines protéiques annotés (références croisées avec les autres bases). sbase FTP SEQANALREF (Sequence analysis bibliographic reference database). Banque de références des articles portant sur l'analyse mathématique et informatique des biomolécules. seqanalref seqanalrabs FTP SGD (Saccharomyces Genome Database) sgd FTP SWISSPROT Principale banque protéique avec Trembl et NBRF-PIR. Swissprot est maintenant intégrée dans la banque UNIPROT. uniprot uniprot_swissprot FTP TAXONOMY The taxonomy database of the International Sequence Database Collaboration contains the names of all organisms that are represented in the sequence databases with at least one nucleotide or protein sequence. taxonomy FTP TERAPROT Premiers résultats de la comparaison exhaustive de 70 génomes. Comparaisons de génomes et de protéomes. FTP TRANSFAC (Eukaryotic cis-acting regulatory DNA elements and trans-acting factors). Include in BIOBASE. Facteurs de transcription des eucaryotes. tfsite tffactor tfcell tfclass tfmatrix tfgene TREMBL Séquences codantes (CDS) de l'EMBL au format Swissprot Trembl=Sptrembl+Tremblnew. Les séquences de Sptrembl et Sptremblnew seront, à terme, intégrées dans Swissprot. Celles en revanche de la banque Remtrembl (REMaining TREMBL) ne le seront pas. uniprot uniprot_trembl FTP UNIGENE Unique Human Gene Sequences Collection. Human, Animals, Plants Transcripts in GenBank. unigene uniseq uniest unilib FTP UNIPROT (Universal Protein Resource). Cette banque intègre Trembl et swissprot. uniprot uniprot_swissprot uniprot_trembl FTP UNIVEC Séquences issues de contamination par un vecteur. univec FTP VECTOR Vecteurs (Phage, Plasmid, Phagemid, Phasmid, Cosmid, Virus, YAC). vector FTP WI Carte génétique du génome humain basée sur les STS. wiyac wists wicontig

64 entrées trouvées.