Banques d'enzymes, de motifs et domaines protéiques |
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Nom |
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Description |
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Accès SRS |
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ENZYME
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(Enzyme Database) |
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enzyme
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REBASE
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(Restriction Enzyme Database). |
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rebase
rebcomm
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FTP
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PROSITE
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(Database of protein families and domains). |
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prosite
prositedoc
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FTP
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PRINTS
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Protein Motif Fingerprint Database.
Banque d' empreintes (groupe conservé de motifs) utilisé pour caractériser une famille de protéine. |
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prints
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FTP
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PRODOM
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(PROtein DOMain Database).Base de sites et patterns biologiquement significatifs. PRODOM est une compilation automatisée des domaines homologues (alignements multiples et consensus) détectés dans SwissProt.
ProDom CG : Complete Genomes Protein Domain Database. |
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prodom
prodomcg
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FTP
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DOMO
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DOMO est une base de familles de domaines protéiques (alignements multiples) issus des bases (non redondantes) de Swissprot et NBRF-PIR. Même approche que PRODOM. |
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domo
domofasta
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BLOCKS
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Alignements multiples de segments sans insertions correspondant aux régions les mieux conservées de Prosite. Base automatiquement générée par la recherche des régions les plus conservées dans les groupes de protéines de PROSITE. |
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blocks
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FTP
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SBASE
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Collection de domaines protéiques annotés (références croisées avec les autres bases). |
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sbase
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FTP
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PFAM
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(Protein FAMily database). Collection de familles alignées de protéines, générées automatiquement ou semi-automatiquement par la méthode "Hidden Markov Models" (HMMs). |
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pfama
pfamb
swisspfam
pfamhmm
pfamseed
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FTP
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INTERPRO
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(Integrated Resource of Protein Domains and Functional Sites)
Base de données construite à partir de PRINTS, PROSITE et Pfam. Intègre également une partie des données de ProDom. |
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interpro
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FTP
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RFAM
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(RNA families database of alignments and CMs)
Rfam is a large collection of multiple sequence alignments and covariance models covering many common non-coding RNA families. |
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rfam
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FTP
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