Glossaire

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Acide aminé (= Résidu)  amino acid Monomère constitutif des protéines. Il en existe 20, codés par un système à trois nucléotides (codons), dans l'ADN et l'ARN   protéines | code | nucléotides | codons | ADN | ARN   Tables et Standards : Acides aminés   Monomère     Acides nucléiques  Nucleic acids Macromolécules jouant un rôle fondamental dans le stockage, le maintien et le transfert de l'information génétique. Ce sont des polynucléotides (polymères de nucléotides), reliés par des liaisons phosphodiester. Les molécules linéaires présentent une extrémité 5' P (en raison du nucléotide dont une fonction alcool, en position 5' du sucre, et esterifiée par un acide phosphorique) et une extrémité 3' OH.   information génétique | nucléotide     ADN (Acide DésoxyriboNucléique)  DNA (DesoxyriboNucleic Acid) L'ADN est la forme de stockage de l'information génétique du génome de pratiquement tous les êtres vivants. Cette information est représentée sur le chromosome par une suite linéaire de gènes, séparés par des régions intergéniques. L'ADN, macromolécule biologique formée de désoxyribonucléotides, est un des constituants des chromosomes. Elle forme des pelotes microscopiques qui, chez les organismes eucaryotes, sont localisés dans le noyau des cellules. Déroulés, les molécules d'ADN s'étirent en un très long fil, constitué par un enchaînement (séquence) précis d'unités élémentaires que sont les nucléotides. La structure originale de l'ADN, formée de deux brins complémentaires enroulés en hélice (double hélice), lui permet de se dupliquer en deux molécules identiques entre elles et identiques à la molécule mère lors du phénomène de réplication. L'ARN est une séquence d'acide nucléique linéaire ou circulaire, et bicaténaire (la double hélice unit deux brins polynucléotidiques antiparallèles et complémentaires). On distingue : l'ADN nucléaire : ADN du noyau l'ADN mitochondrial : ADN du génome mitochondrial l'ADN chloroplastique : ADN du génome chloroplastique   information génétique | génome | chromosome | gène | eucaryotes | séquence | nucléotides | brin complémentaire | duplication | réplication | acide nucléique   Tables et Standards : Nucléotides et codons | Cours de biologie : Biologie moléculaire   Séquences nucléiques | Analyse nucléique ADNc  cDNA Simple brin artificiellement synthétisé à partir des ARN : il est obtenu après une réaction de transcription inverse d'un ARN mâture et représente ainsi la copie de l'ARNm. Une séquence EST est une étiquette (fragment d'une extrémité) d'un ADNc. L'ADNc offre l'immense avantage d'être plus stable que la molécule d'ARNm et de pouvoir être stocké, copié et séquencé.   ARN | ARN mâture | transcription | EST   Séquences nucléiques : ADNc et EST     ADN circulaire  circular DNA Molécule d'ADN (mono ou bicaténaire), sans extrémités 5' ni 3'. Insensible à une exonucléase.   ADN     ADN hybride  hybrid DNA Molécule d'ADN composée de 2 brins d'origines distinctes.   ADN     ADN polymérase  DNA polymerase Enzyme catalysant la polymérisation (5' vers 3') des monocléotides triphosphates qui constituent l'ADN.   Enzyme | polymérisation ADN recombiné  recombinant DNA Molécule d'ADN dans laquelle des séquences qui ne sont pas naturellement contigües sont juxtaposées par manipulation in vitro.   Techniques in Recombinant DNA Research     ADN satellite  satellite DNA Séquences d'ADN localisées hautement répétées, en tandem, d'un motif de 2 à 2000 pb. La taille totale d'un bloc d'ADN satellite peut atteindre une dizaine de mégabases sans interruption. Sa composition en bases est différente de la moyenne de l'ADN génomique de l'organisme considéré. Chez les mammifères, il est essentiellement localisé au niveau des centromères, des télomères et sur le bras long du chromosome Y humain.   ADN | motif | pb | télomères | chromosome | Microsatellites | Minisatellites   Analyse bioinformatique des séquences : Structure du génome     Alignement  alignement Processus par lequel deux séquences sont comparées afin d'obtenir le plus de correspondances (identités ou substitutions conservatives) possibles entre les lettres qui les composent.   séquences | identités | substitutions conservatives   Analyse bioinformatique des séquences : Recherche de similarités     Alignement global  global alignement Alignement des deux séquences sur toute leur longueur.     Alignement local  local alignement Alignement des deux séquences seulement sur une portion de leur longueur. (Ex: programmes Fasta et Blast)   Fasta | Blast     Alignement optimal  optimal alignement Alignement de deux séquences de façon à obtenir le plus haut score possible. (Cf: algorithme Needleman et Wunsch)   score   Needleman et Wunsch     Alignement multiple  multiple alignement Alignement global de trois ou plus de trois séquences. (Ex: programme Clustalw).   Clustalw     Allèle  allele L'une des séquences alternatives possible (variant génétique) de l'ADN à un locus donné. Chaque forme allélique peut entrainer un phénotype particulier. L'ensemble des allèles possibles en un locus conduit ainsi au polymorphisme du caractère exprimé. Chez les organismes diploïdes, les chromosomes sont présents par paires. Chaque locus est donc présent en deux exemplaires, les allèles (un, hérité du père, l'autre de la mère). Si les deux allèles sont identiques, le locus est qualifié d'homozygote, d'hétérozygote s'ils sont différents.   phénotype | polymorphisme | chromosomes   diploïdes     Alu  Alu sequences Familles de séquences répétées dispersées et réparties sur l'ensemble du génome des mammifères. Elles sont reconnues par l'endonucléase de restriction Alu. Contrairement à la plupart des séquences répétées, elles peuvent être transcrites (par l'ARN polymérase III) et se comporter en rétrotransposons. Elles sont nommées ainsi car elles possèdent au milieu de la séquence un site de clivage par l'enzyme AluI.   séquences répétées dispersées | génome | endonucléase de restriction | ARN polymérase | rétrotransposons | site de clivage | enzyme   Séquences nucléiques : REPBASE     Amorce  primer Oligonucléotide qui, hybridé avec une molécule simple brin d'acide nucléique, permet à une polymérase d'initier la synthèse du brin complémentaire.   hybridé | polymérase Analyse de liaison  linkage La localisation de la région contenant le gène responsable d'une maladie génétique s'effectue par analyse de liaison : il s'agit de rechercher, dans les familles au sein desquelles ségrège la maladie étudiée, une liaison entre la maladie et des marqueurs de la carte génétique. Plus un marqueur est polymorphe, plus grande est la chance qu'il soit représenté par différents allèles dans les familles étudiées, et donc plus est élevée la probabilité de détecter une éventuelle corrélation entre sa transmission au cours des générations et la transmission de la maladie.   gène | génétique | marqueurs | carte génétique | polymorphe | allèles   Cours de bioinformatique : Analyse de liaison génétique     Annotation  annotation L'annotation du génome consiste à prédire et localiser l'ensemble des séquences codantes (gènes) du génome et à déterminer et identifier leur structure (annotation syntaxique), leur fonction (annotation fonctionnelle) ainsi que les relations entre les entités biologiques relatives au génome (annotation relationnelle). L'information résultante enrichit les bases de données biologiques.   génome | séquences codantes | gènes | fonction | bases de données | Ontologie   annotation syntaxique | annotation fonctionnelle | annotation relationnelle   Analyse bioinformatique des génomes : Annotation des génomes   Tables et Standards : Ontologie et annotation des génomes   Données et Séquençage : Bases de données biologiques     Antisens  antisens Oligonucléotides (10 à 20 nucléotides) dont la séquence bloque un ARNm dont ils inhibent l'expression c'est à dire la traduction en une protéine. Si on connait la séquence du gène qui code une protéine pathogène, il est possible de synthétiser un antisens complémentaire de cette séquence qui viendra spécifiquement inhiber son expression. Les antisens n'ont pas besoin de vecteur pour pénétrer dans la cellule.   nucléotides | ARNm | traduction | protéine | gène | complémentaire | vecteur     Apoptose  apoptosis Mort cellulaire programmée sous contrôle génétique. Processus physiologique de mort cellulaire faisant appel à la mise en oeuvre d'un véritable programme de destruction de la cellule. Contrairement à la nécrose, mort pathologique et passive de la cellule agressée, l'apoptose nécessite la participation active de la cellule et permet d'assurer le renouvellement cellulaire et le contrôle de l'homéostasie cellulaire et tissulaire de façon opposée à la mitose, dès l'embryogenèse, des organismes multicellulaires. Certaines chimiothérapies pourraient activer ces mécanismes d'apoptose pour éliminer les cellules cancéreuses.   génétique | homéostasie | mitose   Familles de protéines : Apoptose - Transduction de signal   Apoptosis | L'apoptose     Appariement  Base pairing - Match Appariement de bases : Formation de liaisons hydrogène entre des paires de bases complémentaires. L'appariement des bases est la clef des transferts d'information fondamentaux tels que la réplication et la transcription et permet la renaturation de l'ADN, l'hybridation ADN-ARN, l'utilisation de sondes. Appariement de chromosomes homologues : opération s'effectuant au cours de la métaphase lors de la méïose et durant laquelle les deux chromosomes homologues vont échanger du matériel génétique. Appariement : (dans une homologie : identité entre deux caractères en vis à vis dans une homologie entre deux séquences (Voir le contraire : mésappariement).   bases complémentaires | bases | réplication | transcription | ADN | hybridation | sondes | chromosomes homologues | homologie | mésappariement     ARN (Acide RiboNucléique)  RNA (RNA = RiboNucleic Acid) L'ARN est une macromolécule biologique formée de ribonucléotides permettant de transférer et de traiter l'information dans la cellule. L'ARN est une séquence d'acide nucléique linéaire, simple brin (=monocaténaire). On distingue les ARN messagers, ARN de transfert, les ARN ribosomaux, les ARN nucléaires et les ARN cytoplasmiques.   séquence | acide nucléique | ARN messagers | ARN de transfert | ARN ribosomaux   Séquences nucléiques : ARN   ARN ARN messager (ARNm)  messenger RNA (mRNA) L'ARNm, transcrit à partir d'un gène protéique, est un ARN destiné à être traduit en protéine dans le cytoplasme.   ARN | transcrit gène protéique traduit | protéine | épissage | introns   Analyse bioinformatique : Structure d'un gène - Prédiction de structure d'un gène - ORFs     ARN ribosomal  ribosomal RNA (rRNA) L'ARNr est un des deux constituants des ribosomes. Molécule fonctionnelle mais non traduite et impliquée dans la traduction.   ARNr | ribosomes | traduction     ARN de transfert (ARNt)  Transfert RNA (tRNA) Courte molécule d'ARN de structure complexe, fonctionnelle mais non traduite et impliquée dans la traduction : les ARNt délivrent les acides aminés au ribosome.   ARN | traduction | acides aminés | ribosomes     ARN précurseur (ARN prémessager = pré-ARN messager)  precursor RNA (premessenger RNA) ARN représentant le produit de transcription primaire d'un gène. Les ARN précurseurs transcrits à partir de la plupart des gènes Eucaryotes et de certaines archéobactéries contiennent des introns qui seront éliminés lors de la maturation.   ARN | transcrit | gène | Eucaryotes | introns | maturation     ARN polymérase  RNA polymerase Enzyme catalysant la synthèse d'ARN à partir d'ADN ou d'ARN. Chez les Procaryotes, l'ARN polymérase ADN dépendante est unique. Chez les Eucaryotes, on connaît trois ARN polymérases ADN dépendantes, spécialisées dans la transcription des différents groupes de gènes cellulaires (ARN polymérase I ou A pour les ARN ribosomiques, ARN polymérase II ou B pour les ARN messagers, ARN polymérase III ou C pour les petits ARN). Certains virus à ARN ont une polymérase ARN dépendante appelée aussi réplicase.   Enzyme | ARN | ADN | Eucaryotes | transcrit | gènes