INFOBIOGEN - Recherche et développement

INFOBIOGEN mène des activités de R&D dans le domaine de l'intégration et l'interopérabilité des données génomiques et dans le développement d'une nouvelle famille d'interfaces homme/machine. Dans le domaine de la recherche biologique, Infobiogen s'intéresse particulièrement aux comparaisons massives de séquences. Cette page présente un résumé des différents projets en cours à Infobiogen ainsi que la liste des projets clos . Voici la liste de nos publications .

Les projets en cours

Le projet TERAPROT

Comparaison exhaustive des protéines issues des génomes complètement séquencés. En juillet 2002, le CEA/DAM, Le centre de ressource Infobiogen, et la société Gene-it ont mis à la disposition de la communauté scientifique, les résultats d'un calcul de comparaison massive de protéines issues de génomes complètement séquencés. Tout à commencé par la comparaison des génomes bactériens, plus les levures et les séquences de plantes (dont le protéome d'Arabidopsis thaliana). Cette première collaboration entre les différents partenaires a été un succès. En juillet 2003, les résultats issus de la comparaison des protéines des organimes eucaryotes complètement séquencés (homme, souris, c.elegans, drosophile) sont également disponibles, et l'ajout de données relatives aux nouveaux protéomes bactériens a également été effectué. Le projet TERAPROT est né de l'association des compétances et des capacités logistiques de différents partenaires - Le CEA /DAM (Commissariat à l'Energie Atomique, Direction des Applications militaires), la société GENE-IT et Infobiogen soutenu par la Génopole d'Evry . Le supercalculateur TERA installé au CEA/DAM - la septième machine la plus puissante du monde - à permis de faire ces comparaisons "tout contre tout" en un temps raisonnable. Les protéines issues de 90 génomes ont donc été comparées les unes contre les autres grâce au logiciel BIOFACET fournit par la société GENE-IT. BIOFACET est un ensemble d'outils permettant aux biologistes de mener des stratégies de comparaison genomique sans avoir besoin de maitriser des techniques de programmations. Infobiogen intervient dans ce projet en amont et en aval du processus de comparaison, dans le choix des séquences à comparer, dans le stockage des données et des résultats et la valorisation de ceux-ci. Développement de méthodes bioinformatiques Etant l'initiateur et l'hébergeur du projet TERAPROT, Infobiogen se penche maintenant sur les différentes manières de mettre en évidence la pertinence des données produites. Le projet fournit pour la première fois le résultats d'une comparaison exhaustive de 90 protéomes complets. Le travail consiste maintenant à développer un nouveau type d'outils qui permettra au biologistes d'aller plus loin dans la compréhension des organismes et l'évolution des espèces. Premièrement, une interface web facile d'utilisation est en cours de développement pour permettre des requetes complexes sur les résultats. Les objectifs sont les suivants: Fournir à l'utilisateur un moyen simple de faire des requètes à la volée sur les résultats des comparaisons effectuées et sur le résultats de clustering de protéines. Visualiser les liens entre les séquences, les banques de données d'où elles sont issues et leurs références croisées. Permettre l'execution de programmes d'alignements multiples sur un pool de protéines sélectionnées. En parallèle à cette interface Web, les développeurs pourront avoir accès à une API C++ permettant des requètes sur la matrice de résultats dont l'organisation a été optimisée pour permettre des accès rapides à chaque cellule. Infobiogen développe également des algorithmes de clustering, des outils de visualisation et des méthodes de rcherche de synténies en collaboration avec le laboratoire Génome et Informatique. Le projet GIX Environnement d'intégration et de manipulation de données génomiques et protéomiques Les évolutions biotechnologiques ont pris de vitesse la bioinformatique et ont conduit à une situation où les logiciels actuels ne sont plus adaptés pour traiter les masses d'information dont nous disposons (séquences génomiques, données transciptome, protéomes), et ceux-ci seront bientôt totalement incapables d'exploiter les volumes de données qui seront délivrés. L'objectif de notre projet est de répondre à cette situation en proposant un environnement informatique d'intégration et de manipulation des données génomiques et protéomiques. Cet environnement constituera la base sur laquelle des développements de programmes d'analyse ou d'interfaçage pourront être menés. Cet environnement inclus : une ontologie extensible décrivant le domaine de la génomique et de la protéomique, son implémentation dans un schéma orienté-objet, un système de gestion de base de données orienté objet (SGBDOO), un mécanisme de mise à jour des données des bases publiques, des interfaces de programmation d'applications orientées génomique-protéomique, une boîte à outils pour le développement d'interfaces utilisateurs, une application de consultation générique. XWEB - De nouvelles interface pour les services WEB Le projet ShellWeb Le projet ShellWeb a pour objectif de fournir un environnement de travail qui soit un mixte des possibilités techniques d'un traditionnel compte shell au sens Unix, avec toute la palette des outils de présentation aujourd'hui utilisables via un accès web. Une fois authentifié à partir d'un browser web quelconque, l'utilisateur accède à son répertoire personnel et aux outils de la machine distante via une interface html dont l'ergonomie peut être complètement optimisée pour le type de travail à fournir. Le projet BabelWeb Si les utilisateurs expérimentés préfèrent utiliser les logiciels de génomiques à travers des interfaces traditionnelles (telnet, ssh, Xwindows), les nouveaux venus à l'analyse génomique souhaitent pouvoir conduire leurs analyses à travers l'interface offerte par les navigateurs Web. Au-delà du simple formaulaire de déclaration des paramètres, le besoin d'une programmation visuelle permettant des enchainemens complexes se fait jour. Le projet BabelWeb, vise à developper une nouvelle interface d'execution pour les applicatifs proposées par le CRI Infobiogen. Ce développement s'appuie sur les concepts issus des projets GIX et ShellWeb, en privilégiant les aspects opérationnels et sécurité informatique pour des accès web authentifiés.

Les projets achevés

Cope - A free collaborative pedigree environment ComparEST Mammalian comparative mapping EyeDB - An object-oriented database management system GENETPIG - Identification of genes controlling economic traits in pig HuGeMap - A database of genetic and physical maps The Mappet Show - A map viewer Zomit - A program that zooms a lot