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INFOBIOGEN - Activités
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Pour répondre aux différentes missions
qui lui sont confiées, le centre de ressources INFOBIOGEN offre à la communauté scientifique un ensemble de services dans le domaine des bases de données de biomolécules et de génomes et de leur analyse.
En outre, Infobiogen est impliqué dans le transfert technologique et le soutien logistique nécessaire à l'implantation de grands centres de ressources bioinformatiques.
Infobiogen axe principalement son secteur Recherche et Développement sur la génomique et principalement sur les environnements d'intégration de données.
Enfin, Infobiogen participe à l'encadrement de stages de formation en bioinformatique organisés par la formation continue de l'Université d'Evry Val d'Essonne et en collaboration avec Génopole.
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Les services
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Les services sont accessibles selon deux modes possibles : anonyme (via le serveur web d'Infobiogen) ou authentifié (suppose la détention d'un compte personnel
sur la machine Infobiogen).
Ces services sont les suivants :
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Accès aux banques de données publiques
INFOBIOGEN est le noeud francais du réseau européen de Biologie moléculaire EMBnet
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C'est dans ce cadre qu'il propose notamment le logiciel SRS
et le package de programmes EMBOSS
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INFOBIOGEN met aisni à disposition des banques de données de séquences généralistes et spécialistes, ainsi que des banques génomiques. Certaines d'entre elles sont mises à jour quotidiennement (banques généralistes notamment). Toutes le sont régulièrement, au fil des versions.
Voir : Banques de données
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Utilisation des logiciels d'analyses de séquences
Le serveur INFOBIOGEN propose un certain nombre de traitements classiques dans le domaine de la bioinformatique, tant sur des séquences personnelles que sur les séquences de banques : traduction, carte de restriction, recherche de motifs, recherche de similitudes et alignements locaux, alignements globaux, conversion de formats.
Voir : Analyse et traitement
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Consultation de ressources documentaires
Infobiogen propose des cours en ligne en bioinformatique ainsi qu' un certain nombre de documents en informatique.
Voir : Documentation
Infobiogen a, en outre, développé et propose sur son serveur Web un répertoire de liens thématiques ouvert sur l'internet : le Deambulum
Le Deambulum est un outil de navigation permettant d'explorer le monde de la biologie, de la bioinformatique et de la médecine accessible sur le WEB.
Il est structuré de la même manière que le site Infobiogen (présentation des mêmes grandes rubriques) afin de faciliter le passage de l'un à l'autre (rendu aisé par ce parallélisme).
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Mise à disposition des données, logiciels et documents sur le :
serveur FTP anonyme d'Infobiogen
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Calcul pour l'analyse génomique intensive
Infobiogen propose à ces utilisateurs des ressources de calcul et de stockage limités pour les utilisations ponctuelles. Cependant des ressources plus conséquantes peuvent être attribuées dans le cas de projets de recherche nécéssitant des temps de calculs supérieurs à 24 heures et du stockage supérieur à l'espace disque alloué par défaut. Pour bénéficier de ces ressources, il est nécéssaire que la demande d'ouverture de compte soit remplie en cochant l'utilisation intensive des ressources et que soit joint à celle-ci un descriptif du projet de recherche dans lequel s'inscrivent les travaux effetués sur les machines du Centre.
Pour les utilisateurs possédant déjà un compte sur le serveurs, il suffit de nous faire parvenir un descriptif du projet concerné par courrier ou fax avec signature du directeur du laboratoire, accompagné d'une demande de ressources supplémentaires.
Les programmes utilisés dans ce cadre peuvent être des programmes mis à la disposition par Infobiogen (exemple: BIOFACET ) ou des programmes personnels.
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Assistance aux utilisateurs
L'équipe Infobiogen peut être contactée par messagerie de la manière suivante :
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Le transfert technologique
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L'action d'Infobiogen se caractérise par l'importance donnée au transfert technologique avec:
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Le fait qu'Infobiogen soit déclaré Centre d'Excellence Sun - le premier à être mis en place en France - dans le cadre du programme Sun Corp. réservé au secteur Education & Recherche.
Sun Microsystems peut désormais bénéficier de l'expérience pratique acquise au fil des années par Infobiogen avec ses équipements, pour améliorer sa propre expertise technologique. En effet, les adaptations et réglages que le Centre de ressource effectue au quotidien sur ses systèmes représentent une somme de connaissances précieuses pour le constructeur informatique.
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La formation continue des scientifiques aux méthodes les plus récentes. Voir ci dessous.
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L'installation d'un site miroir d'Infobiogen à l'Université de Honk Kong, qui possède le même équipement informatique. Il sert maintenant de centre de ressources à toutes la région. Cette opération est un succès et elle sera probablement renouvelée avec d'autres centres de calcul.
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Des développements en collaboration avec des start-up, afin de faciliter l'accès à la problématique du calcul intensif en génomique.
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Infobiogen est aussi un lieu de formation pour des ingénieurs qui se spécialisent ensuite dans la gestion de grands programmes en géomique ou qui rejoignent les grands centres de calcul du secteur privé.
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Les formations
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Dans le cadre de GENOPOLE, l'Université d'Evry et Infobiogen organisent des stages de formation en bioinformatique
, de plusieurs jours chacun, destinés à des chercheurs et ingénieurs du secteur public ou privé.
Quatres laboratoires y participent :
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La recherche et développement
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Consulter la rubrique R&D
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L'équipe au complet
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Le personnel permanent du Centre de Ressources INFOBIOGEN est composé de chercheurs, ingénieurs et administratifs mis à disposition par les organismes de recherche ou les Universités. Les personnels affectés à INFOBIOGEN bénéficient de postes créés à cet effet et de la mobilité mise en place par les organismes publics.
Les membres de l'équipe Infobiogen sont les suivants :
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Guy Vaysseix (Directeur du centre INFOBIOGEN) | |
François Laissus (Ingénieur système) | |
Virginie Lollier (Ingénieur système) | |
Didier Gillet (Ingénieur système) | |
Christian Poli (Ingénieur de recherche) | |
Alexandra Louis (Ingénieur de recherche) | |
Jean-Marc Plaza (Ingénieur d'études en bioinformatique) | |
Claire Valencien (Ingénieur d'études en bioinformatique, webmaster) | |
Sylvie Houssay (Secrétaire) |
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