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Spécificités d'un compte Infobiogen

Les machines du serveur Infobiogen fonctionnent sous le système Unix.
Par conséquent, les utilisateurs titulaires d'un compte authentifié bénéficient de cet environnement pour travailler et gérer à leur convenance leur espace personnel. Toutes les commandes unix sont ainsi disponibles au prompt de la machine babbage :

babbage$ commande [-options]

Espaces de travail
L'ensemble des disques de la machine babbage d'Infobiogen est organisé en plusieurs "espaces" :
l'espace "système" qui contient données et programmes communs.
l'espace "utilisateur" qui contient le répertoire principal de chaque utilisateur (home) ainsi que des répertoires "de projets" qui peuvent être alloués sur demande spécifique.
l'espace de travail "système" qui sert principalement au stockage des fichiers intermédiaires.
En standard un environnement UNIX contient deux hiérarchies de "fichiers "temporaires" : /tmp et /var/tmp . Les fichiers contenus dans ces répertoires ne sont PAS sauvegardés et peuvent être détruits en fonction de la charge du système. Leur durée de vie peut ne pas dépasser quelques heures.
Par ailleurs, Il existe un espace de travail collectif nommé ws de 8 Go, sans quotas, sauvegardé, mais TEMPORAIRE. Chaque utilisateur dispose d'un répertoire dans cet espace. ws est accessible par son chemin absolu: /env/infobiogen/ws/nom_de_login ou en suivant le lien symbolique "ws" présent dans le répertoire principal (home) de chaque utilisateur. Par exemple :
cd ws : permet d'aller dans le répertoire /env/infobiogen/ws/nom_de_login
ls -l ws : édite les fichiers de ce répertoire
df -k ws : permet de voir le taux d'occupation global de ws
Les fichiers résidants dans ws sont périodiquement DETRUITS, selon les critères suivants (pour un taux d'occupation global < 80%) :
dernier accès       taille   
        > 128 j       >= 0  
        >  64 j       > 1 Mo 
        >  32 j       > 4 Mo            
        >  16 j       > 16 Mo
        >   8 j       > 64 Mo
        >   4 j       > 256 Mo


Si le taux d'occupation est supérieur à 80%, des procédures spéciales seront appliquées.
Pour faciliter la gestion de cet espace collectif, vous êtes invités à détruire vos fichiers le plus tôt possible.
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Quotas et Process
L'espace de travail alloué à chaque utilisateur dans son répertoire personnel, le "home", est actuellement limité à 10 Mo OU 500 fichiers (man quota). Si vous dépassez cette limite, les programmes qui écrivent dans votre répertoire ne peuvent plus créer de fichiers! Ce qui se traduit par des messages du genre: "can't create...", "can't open...", etc. Dans ce cas vous devez vérifier votre quota :

quota -v
(Voir man quota ).

quota retourne l'espace disque autorisé et utilisé (quota et nombre de fichiers) sur la totalité du compte, pour les 3 espaces personnels suivants : home_dir sur la machine babbage (/_/home01/_), ws et projets sur la machine babbage (/_/ibg01/_) et l'espace messagerie (/var/spool/pub/mail, équivalente en terme de syntaxe à /var/mail)) sur la machine lovelace.
L'unité du quota est en kilooctets, donc par exemple 10000 signifie 10 megaoctets.

ls -la
ls -lR
(Voir man ls ).

ls retourne l'espace disque utilisé (en octets) dans un répertoire donné (répertoire courant par défaut) ou récursivement sur toute une arborescence (-lR).

du *
du -ka
du -kh
(Voir man du ).

du retourne l'espace disque utilisé dans un répertoire donné (répertoire courant par défaut).
L'unité par défaut est en demi-blocs (soit 512 caractères).
-ka : l'unité est en kilo-octets.
-kh : l'unité est explicitement indiquée
(K:kilo-octet,M:méga-octet,G:giga-octet,T:tétra-octet)

rm nom_fichier
(Voir man rm ).

rm détruit un (ou un ensemble de ) fichier(s).

Des espaces supplémentaires, dits de projets, peuvent être alloués sur demande spécifique. Actuellement il n'y a pas de limite "hard" imposé par le système au temps d'exécution d'un programme. Les programmes "longs" ( > 3 heures) doivent être lancés en "batch" (man batch). . Pour les programmes dont la durée d'exécution peut dépasser 12 heures, il est recommandé d'en avertir l'exploitation par un mail à root@infobiogen.fr. Enfin, il est possible de contrôler la consommation des ressources avec la commande ulimit (voir man ulimit) et de vérifier l'état des processus actifs avec la commande "ps -fu login" (voir man ps). Pour détruire un processus donné, utiliser la commande "kill PID_du process" (voir man kill)